农产品安全生产直接关系人类的健康和安全。农产品安全生产是食品安全的前提和保障。在农业生产中，农药、兽药、化肥、饲料、添加剂、激素和抗生素等农业化学投入品的使用是保证农业丰收和农产品优质的重要手段。但是，片面地追求产量，不科学地使用农药等农业化学投入品，就会严重污染食物，在威胁人类健康的同时还会造成严重的环境污染。因食用农药残留超标食物、含“瘦肉精”的猪肉而引起食物中毒的事故时有发生。
农产品安全生产是提升我国农产品在国际市场竞争力的根本措施。农产品的进出口直接关系到农民的切身利益。美、日、欧盟等发达国家和地区是我国农产品出口的主要市场，这些国家和地区对农产品安全要求也很高，特别是与农产品安全密切相关的农药和保鲜剂残留标准。我国出口的农产品因残留超标遭到退货、索赔事件已发生多起。2001年日本以我国大葱、香菇等农产品中有害物残留超标为由，对从我国进口的大葱进行严格限制，使山东菜农遭受惨重损失。2002年从浙江出口到欧盟的虾仁被检测出氯霉素超标，致使中国水产品全面被禁。
农产品安全生产符合我国农业可持续发展的要求。过去，由于盲目垦耕、滥施化肥农药，造成生态环境的恶化和自然生态的失衡。如施用农药，在杀死害虫的同时也杀死了害虫的天敌，加剧了农业病虫灾害，20世纪90年代的棉铃虫暴发就是一个例子。因此，必须从长远利益出发，实施农产品安全生产，合理使用化肥、农药等农业投入品，以保障我国农业的可持续发展。
农产品安全生产是提高农业效益的有效途径。一是无污染、安全、有营养的农产品品质好，虽然价格高，但更符合现代消费者的要求。目前，超市中优质果品比一般果品价格高1~2成甚至更高。二是生产质量安全的农产品的成本低于常规的农产品。因为，生产质量安全的农产品要求所用的农药、兽药、化肥、饲料、添加剂等农业投入品的数量大大少于常规生产，它更强调在生产的每个关键点的控制，肥料上用有机肥来调节地力，病虫害的防治强调生态控制，畜禽水产品生产注重免疫机制，实施产前、产中、产后一体化管理，使单位产品的管理成本低于常规农业生产。
农产品安全生产有益于新技术在农业生产中的应用。传统的农业生产方式是以化学肥料等农业生产资料为基础的生产技术系统，缺乏相对完整、配套、可操作的农业生产过程控制技术体系、标准和具体措施。因此，农产品安全生产的实施将促进农业新技术的应用。
