其一，商流问题，主要表现在一些地方农产品供应链的商流不通畅，农产品交易市场的数量和质量落后于实际需要，而且对农产品交易市场缺乏科学的整体规划，“有场无市”和“有市无场”的现象不同程度地存在。尤其是一些地方农产品交易市场水平落后，电子化交易手段没有得到使用，造成交易所受约束较多，效率低下，交易成本较高，农产品市场需求与市场供给难以匹配。
其二，资金流问题，主要表现在结算手段单一落后、资金风险难以分散、融资渠道狭窄三个方面。在资金结算方面，一些地方的农产品交易结算措施落后，仍然采取现金结算，电子化的结算手段基本没有被采用；在风险分散方面，一些地方分散风险的措施比较缺乏，保险业务涉及面较为狭窄，尤其是农产品期货市场品种较少、功能落后、覆盖面较小；在融资渠道方面，企业面临贷款难的问题，尤其是针对供应链上中小企业与农户的金融创新产品开发不足。以物流与金融的交叉创新业务——物流金融业务为例，这一业务在沿海工业发达地区开展得十分普遍，有效缓解了钢铁、能源、有色金属等供应链上中小企业融资难的问题，但在内地农业大省，针对农产品供应链的物流金融创新业务还没有得到有效拓展，在一定程度上影响了内地农产品供应链的运行效率。
其三，信息流问题，主要表现在一些地方包括农产品价格信息、物流服务产品价格信息等的公共信息平台建设相对滞后，农产品供应链上企业和第三方物流企业的信息化建设水平较低，造成了农产品供应链信息流不通畅，供应链上游不知下游需求状况，下游也不知上游供应水平，农产品的生产加工与市场需求脱钩，市场消费者对农产品的质量状况知之不多，农产品供应链上存在不少无效的物流。信息化是现代物流乃至现代化农村的重要环节，我国要在2020年基本实现城乡经济社会一体化，没有信息化的支持将难以想象。然而，据一项对全国10多个省农产品批发市场的调查统计结果显示，不少批发市场尚未建立及时向社会发布供求信息和价格信息的平台，经营户对于市场信息的获得，最多的是通过交易现场获取，其次是依靠同行的传播，而依靠当地市场发布、政府部门发布、媒体及网络传播所占的比例较小。信息流问题制约了我国农产品的流通水平，这应当引起我们的重视。
其四，物流问题。目前我国一些农村地区无论是生产、加工还是流通环节，都存在规模较小、管理水平较低、技术条件较差等问题，这些都制约了农产品供应链物流的供给水平。具体而言，农产品物流设备较为落后，并且较少根据农产品特点进行设计；物流专业化和社会化程度较低，第三方物流企业普遍较小，服务手段落后，物流外包市场没有形成规模，农产品物流效率不高；在农产品的生产、加工、包装、装卸搬运、信息处理、运输、销售、消费这个链条中，农产品运输环节是不容忽视的瓶颈，制约了农产品物流的实时流动，而且各个环节的衔接水平也不高，很有可能导致农产品供应链的延迟和断裂。冷链，指采用一定的技术手段，使易腐货物从采收加工、包装、贮藏、运输及销售的整个过程中都不间断地处于一定的适宜条件下，最大程度地保持从庄稼地到餐桌的最佳质量，包括全面的冷藏解决方案和应用系统，它最能反映农产品的流通水平。虽然我国农产品流通量很大，但与美、日、德等发达国家相比，我国冷链物流体系处于落后位置。这造成我国目前80%至90%以上的生鲜食品是采取常温保存、流通和初加工手段，冷链发展的滞后在较大程度上影响了农产品供应链的水平提升。据统计，常温流通中果蔬约损失20%至30%、粮油15%、蛋15%、肉3%，加上食品的等级间隔、运输及加工损耗，每年造成经济损失约上千亿元。
完善农产品供应链需要金融支持
造成农产品供应链系统落后于其他产品尤其是工业品供应链系统的直接原因在于一个字——“钱”，也就是说，我国农产品供应链水平较低与相关的金融支持不足密切相关。党和国家现在越来越重视对农村的资金投入，党的十七届三中全会鲜明地指出，要加大对农村金融政策支持力度。金融的扶持有针对性，才能提高资金配置效率，才能有助于解决“四流”问题，才能不断完善农产品供应链。
