蜂蜜的营养成分除了上文提到的糖类、蛋白质和矿物质外，还有一些特殊的物质成就了蜂蜜的保健价值和特殊风味：
1.酶类： 酶是一种特殊的蛋白质，具有极强的生物活性。蜂蜜中所含酶量的多少，即酶值的高低，是检验蜂蜜成熟度的一个重要指标。正因为蜂蜜中含有多种酶，才使蜂蜜具有其他糖类食品没有的特殊功能。 蜂蜜中酶是主要蜜蜂在酿蜜过程中添加进去的，来源于蜜蜂唾液，主要是蔗糖酶，这种酶能把花蜜中的蔗糖转化葡萄糖和果糖；另外还有淀粉酶、葡萄糖氧化酶、过氧化氢酶、还原酶、转化酶、磷酸酶、类蛋白酶等。
2.酸类：蜂蜜中含有多种酸，其中主要是葡萄糖酸和柠檬酸，此外还有醋酸、丁酸、苹果酸和琥珀酸等。蜂蜜中的酸类赋予蜂蜜在味道上的复杂性，由于蜂蜜中含有高浓度的果糖，甜度高掩盖了酸味。正常蜂蜜的酸度在3以下，绝不超过4。
3.维生素：蜂蜜中含多种维生素，尤其是B族为最多，每100克蜂蜜中含有B族维生素300—400微克。目前已知蜂蜜中含有：硫胺素（B1），核黄素（B2），抗坏血酸（C），泛酸（B3），生物素（H）吡哆醇（B6），叶酸（PP）和凝血生素（K）等多种维生素。蜂蜜中的维生素主要来源于花粉，在酸性条件下贮藏，可以减缓维生素的破坏。
4.芳香物质：不同的单花蜜具有不同的香气和味道，就是因为它含有不同的芳香性成分。芳香性的物质主要是醇和醇的衍生物——醛、酮及其相应的酯。一般说来，蜂蜜的香味与花的香味是一致的。
5.其他成分：每100克蜂蜜中含有1200—1500微克乙酰胆碱，因此人们食用蜂蜜后能消除疲劳，振奋精神。蜂蜜中还含有0.1%—0.4%的抑菌素，从而使蜂蜜具有较强的抑菌作用。
