由于转基因物质有可能在耕种、收割、运输、储存和加工过程中混入食品，对食品造成偶然污染。因此，不论是对转基因食品贴示标签，或是对转基因与非转基因原料进行分别输送，转基因原料和旧食品的检测都是必不可少的；另外，要区分转基因与非转基因食品，对转基因食品进行选择性标记，对食品中的转基因含量的多少加以限制，也需要准确有效的基因检测技术。
目前，转基因存在的检测方法主要有prc（凝合酶链反应）技术、凝胶电泳测序和elisa（酶联免疫法）等，这些方法在食品和医药研究方面都有广泛的使用，其中以prc技术最为成熟。该技术是由美国centus公司的karymullis发明，于1985年由saiki等首次报道，是近年来开发的体外快速扩增dna技术。1988年，r.k.saiki等人又成功地将热稳定taqdna聚合酶应用于pcr扩增，是pcr技术上向实用化的一次突破性的进展。通过pcr技术可以简便快速地从微量生物材料中以体外扩增的方式获得大量特定的核酸，并且有很高的灵敏度和特异性。pcr既可做定性又可做定量分析，目前大多以定性检测为主，定性检测的检出范围为百分之0.1。但该项技术的检测结果也有可能与实际不相符合，会出现假阴性或假阳性结果（即检测物质本身含有转基因物质，而未被检出；或是本身没有转基因物质，而检出有转基因成分）。
由于许多获得批准的遗传工程体（gmo）表现出一定的导入基因的性状，因此，基因检测也需要以蛋白质为基础的检测技术，这就出现了elisa法。1971年engvall和perlman发表了有关酶联免疫吸附分析法用于免疫球蛋白g（igg）定量测定的文章，使该技术发展成为液体标本中微量物质的测定方法。elisa法与pcr法相比具有操作简单、快速、结果准确，有高通量的特性，解决了转基因检测中样品核酸制备的困难，同时降低了检测成本和时间高的催化效率，可极大地放大反应效果，从而使测定方法达到很高的灵敏度和稳定性。但该项技术主要应用于原料和半成品分析，在终产物分析方面灵敏度底于pcr法。另外，该项技术还需要特殊的抗体和“新”的表达蛋白，而食品中的这类“新”蛋白质的含量极低，且在加工过程中蛋白质常会发生变化；该分析法同时还需要熟练的操作技术。这些因素都使elisa法在转基因检测应用上受到了一定的限制。
