福清是我省重要的水产品加工出口基地，贝类出口规模居全国县（市）第一位，南美白对虾出口量占全省的90%。近年来，福清市依托福厦公路沿线的烤鳗加工区、龙田对虾加工区、沙埔藻类加工区，目前已初步形成烤鳗、对虾、藻类多产业共同发展的格局。
水产品出口，标准化工作不可忽视。去年初以来，福清市有关部门着力帮扶水产品出口企业积极应对国外技术壁垒，力促企业建立出口原料生产质量安全控制体系。截至目前，该市水产企业共有21家获得HACCP认证、5家通过欧盟注册、20家通过ISO9000族质量体系认证、2家通过英国BRC认证。去年该市水产品生产、加工企业还顺利通过美国FDA检查。标准化工作的加强，使得福清水产品加工出口阻力大大降低。仅日本肯定列表制度实施以来，福清市输日水产品就实现全部顺利通关。
在调整养殖、加工模式方面，今年初以来，福清市在巩固南美白对虾、龟鳖、花蛤、缢蛏、牡蛎、海带、紫菜、鳗鲡等传统水产品养殖的同时，还大力引进优良水产品新品种进行养殖，并成功举办水产品养殖深加工科技成果推介会，有效推动了水产品加工出口与国际市场接轨。今年上半年，福清市水产品总产量13.9万吨，比增3.89%。其中，水产品加工总量达3.7万吨，比增34%；水产品加工产值达14.9亿元，比增14.2%；出口创汇1.6万美元。福清市有关负责人说，随着下半年加工旺季的到来和龙田水产品加工示范基地的加快筹建，水产品加工出口量及出口创汇将大幅度增加。
与此同时，福清市还积极引导各水产品加工企业增资扩产，致力发展水产食品精深加工。截至目前，海壹、隆裕、海兴、东威、朝辉等一大批水产品加工企业都相继投资扩建厂房或车间改造，累计资金达1.5亿元，年产值可达4亿多元，不少项目下半年就可投产。
