食用菌味道鲜美且具有独特的食疗保健作用，正越来越受到消费者的青睐。 我国是大多数食用菌栽培的发祥地，目前食用菌年出口量近7亿美元，占全球食用菌贸易量的四成左右。但目前我国食用菌出口还存在一些突出问题：
一是市场窄。我国食用菌主要出口至日本、欧盟和美国，然而近年来遇到的农产品环保壁垒层出不穷，出口市场的集中也导致了较高的市场风险。以全国最大的食用菌主产区－－宁德为例，日本是该市食用菌出口第一大市场，2006年共出口日本7422.44吨、2251.07万美元，分别占宁德市出口食用菌的47.69%和56.45%。日本从2006年 5月29日起正式施行《食品中残留农业化学品肯定列表制度》，受其影响，2006年下半年宁德市输日保鲜食用菌出口量大幅下降了37.8%。
二是壁垒强。欧盟于2006年 l月开始实施食品及饲料安全管理新法规，特别是日本肯定列表的实施，大大提高了食用菌出口的技术门槛。根据福建检验检疫部门对辖区种植户种植过程用药情况和农药市场进行的摸底调查结果显示，食用菌药残状况不容乐观，加强源头管理势在必行。
三是技术低。多是农户零散生产，生产者的素质和栽培条件不一，栽培规范和标准难以实施，特别是无公害绿色食品和病虫害防治科学用药要求难以把握控制，产品质量差异大。生产规模或高或低，容易菇贱伤农。
四是加工弱。国内相当部分加工企业还停留在保鲜、烘干、盐渍等粗加工的层次，深加工能力普遍较弱。目前的栽培模式无法做到均衡生产，必然出现菇量大起大落，每年有大量鲜菇需要通过加工罐头等来调节，加工瓶颈问题突出。
五是竞争烈。近年来，不少省份充分重视和扶持食用菌产业，使食用菌产量和质量有了较大提升，但另一方面，各地企业之间的竞争也更加激烈。为争取国外客户，国内出口企业往往采取竞相压低价格的办法，一些出口企业甚至采取赔本也要做生意的方式，结果导致出口食用菌利润微薄。
六是管理难。目前食用菌原料异地供货现象比较普遍，由于不同产地的食用菌原料卫生质量存在差异，且绝大部分企业目前基本上没有检测手段和能力，难以在进料时把好关，相应也增加了政府部门的管理难度。
七是标准缺。目前仅在农药残留限量的指标上，国际食品法典有2572项标准，而我国相对较少，与国际标准相比尚存在差距。
为此建议：
一是大力推行绿色、无公害生产，在种植过程中推广实施GAP体系，逐步实现生产过程的标准化、规范化，提高食用菌产品质量。
二是建立健全卫生质量保障体系，进一步加强对农药生产许可、生产、市场流通等环节的管理，食用菌主管部门应加强对种植规范、技术的宣传和指导，特别是重点引导种植户杜绝禁用药的使用和科学合理用药。
三是从资金借贷上加大扶持力度，积极鼓励企业产业升级，统一产品质量标准，严格企业市场准入评定关，加大力度培植规模化经营的龙头企业或集团公司，逐步改变生产企业无序竞争、相互内耗的状况。
四是进一步优化品种结构，充分发挥香菇、黑木耳等传统品种的优势，同时组织力量加大食用菌新品种的研究与开发，提高珍稀品种的出口比例。
五是加强宣传，扩大我国食用菌的知名度，全面实施品牌战略，克服小、多、散现状，进一步提高在国内外市场的份额和知名度。
六是充分发挥行业协会作用，积极关注国外最新的市场变化、贸易动态、技术标准、政策措施等信息，帮助企业应对国外技术壁垒。同时加强企业自律、防止价格无序竞争、对外交涉、信息沟通等方面发挥作用。七是实施食用菌出口多元化战略，集中力量开拓国外市场，增加欧美等发达国家的市场份额，积极开拓东南亚、非洲等有潜力的发展中国家，规避出口集中所带来的风险。
