2006年，我国水产品进出口贸易继续保持稳步增长。其中出口量301.5万吨，出口额93.6亿美元，分别比上年增长17.4％和18.7％；水产品出口额占农产品出口总额30.2％，继续位居大宗农产品出口首位。但是，药残事件表明，局部地区的个别品种仍然存在着质量安全隐患，加上进口国的技术性贸易措施，水产品出口仍存在许多不确定性因素。
山东、广东、辽宁、浙江、福建、海南居出口前六位，六省出口额占水产品出口总额的91.2％。2006年，我国水产品出口克服了国外技术壁垒影响和生产成本上涨压力，虽经历了较大的波动，仍然实现较快增长，全年出口增幅同比增长5.7个百分点。水产深加工方面的增长较较显著，2006年深加工对虾出口占对虾出口总额的83％，同比增长53.4％。
同时，我国水产行业协会在规范水产品出口秩序、应对国际贸易纠纷中发挥着越来越重要的作用。广东塘鱼协会在发生输港活鱼检出孔雀石绿药残事件后，立即组织对会员养殖场进行调查，并待港方查明真相后，代表全体会员与香港方面及时交换了意见，维护了内地养殖企业的合法权益。
