出口农产品结构逐步优化，深加工农产品明显增长。2006年下半年，部分加工农产品出口退税率从5%或11%提高到了13%，对扩大深加工农产品出口产生了积极的影响，使农产品出口结构进一步优化。2006年，上海口岸出口额超过1亿美元的各类农产品中，深加工农产品均呈现增长态势，其中蔬菜水果制品、杂项食品和糕饼等谷物粉制品明显增长，分别出口2.3亿美元、2.2亿美元和1.5亿美元，增长22.1%、37.7%和19%。而初级农产品出口出现了不同程度的下降。其中，其他动物产品出口4.4亿美元下降11%；水海产品和蚕丝分别出口2亿美元和1.7亿美元，分别下降5.6%和11.6%。
一般贸易增速回落，加工贸易增速提高。2006年，上海口岸以一般贸易方式出口农产品23.2亿美元，增长8.7%，占当年口岸农产品出口总额的83.8%，增速回落0.9个百分点；以加工贸易方式出口3.8亿美元，增长9.8%，增速提高3.4个百分点。
外商投资企业和私营企业保持增长，国有企业降速减缓。2006年上海口岸外商投资企业出口农产品11.3亿美元，增长6.9%；私营企业出口7.2亿美元，增长35.7%。同年，国有企业出口8.0亿美元，下降0.3%，下降速度回落8.9个百分点。
除美国以外的主要出口市场增长均有所减缓。日本、美国、欧盟、东盟和香港是上海口岸农产品出口的主要市场。2006年，除美国外，上海口岸农产品对其余市场出口增速均有所回落。其中，对日本出口9亿美元，增长1.7%，增速回落9.8个百分点；对欧盟出口4.2亿美元、增长16.% ，增速回落5.7个百分点、对东盟和香港分别出口2亿美元和1.4亿美元，增长4.5%和11.2%，增速分别回落 4.2和3个百分点。此外，对美国出口4.3亿美元，增长14.8%，增速提高14.5个百分点。
我国是世界第五大农产品出口国，近年来随着我国农产品国际竞争力不断增强，农产品出口也取得了长足的发展，然而由于国际社会对保护生态环境和食品安全的关注与日俱增，以及发达国家贸易保护主义抬头，技术性贸易壁垒的制度化趋势，也在不断提高我国农产品的市场准入门槛。2006年1月欧盟实施的新食品法以及5月日本实施的《食品中残留农业化学品肯定列表制度》都给我国农产品出口贸易提出了严峻挑战。
“十一五”期间，农产品被列为重点支持的出口商品，并于2006年下半年发布了首个关于农产品出口的五年规划，为了保持上海口岸农产品出口稳定的发展态势，不断提升出口效益，业内人士建议：农产品生产企业应该充分利用出口退税率调整的契机，发展农产品深加工产业，进一步提高深加工产品在农产品出口中的比重，优化出口产品结构。向规模化、集团化发展，提升抗风险能力；发展自有品牌，开发自主知识产权产品，提高核心竞争力；完善经营管理，在生产、流通及加工环节，推行标准化生产方式，建立质量安全管理体系，尽快与国际接轨，将技术壁垒对我国农产品出口的影响逐步降低。
