近年来，围绕转基因食品是否安全的争论一波未平一波又起。由于空间诱变育种也涉及基因变异问题，许多人对空间诱变技术缺乏了解，因而产生了对这些“太空种子”结出的果实是否安全也发出了疑问。
自然界每种生物都固有不同的生命特征，而保持这些生命特征的物质就是细胞核中的基因（DNA）。所谓转基因生物，是指为了达到特定的目的而将DNA进行人为改造的生物。通常的做法是提取某生物具有特殊功能的基因片断，通过基因技术加入到目标生物当中。如转基因大豆是用非大豆生物甚至动物、微生物的基因导入而产生变异。经基因改造的农作物，外表和天然作物没多大区别，味道也相似，但有的转基因作物中添加了提高营养物质的基因，有的则可以适应恶劣的自然环境以及提高产量和质量等。
空间诱变育种的基因变异是“自然变异”而非人为强制质变。这种变异和自然界植物的自然变异一样，只是时间和频率有所改变，本质上只是加速了生物界需要几百年甚至上千年的自然变异。它没有外源基因导入，而是在空间特殊条件下染色体发生断裂，基因重新排列组合引起性状变异。由于没有外源基因，它与地面辐射育种和常规育种相似，不会产生新的有害物质。大量的事实证明，空间诱变育种所得农作物是可以放心食用的。另外我国颁布的有关转基因安全管理规定中，特别排除了对自身通过突变产生的新物种的管理，这也说明太空食品是安全的。
关于空间诱变育种的基因变异，中科院遗传与发育生物学研究所的太空育种专家刘敏教授曾做过一个非常形象的比喻，她这样说，DNA是一个链条，DNA链条如果是1234，那么在太空环境下发生了易位可能变成1324，但是还是四个基因组没变，如果转基因食品就有一个5基因插入到原来的基因组里面，变成15234，或者12354。太空食品的基因组不多也不少，原来是多少还是多少，而转基因食品基因组多了，因为有外源基因的导入，这是太空食品和转基因食品的本质区别。
说到“太空酒”，其实不独茅台在研究，据媒体报道，白水杜康集团自神舟“三号”飞船升空开始，已陆续将高、中、低温酒曲及窖泥送入太空。神舟“六号”飞船也搭载了白水杜康酒曲及中草药植物种子、种苗。据参与此项目研究的刘敏教授称，酒曲在特有的强宇宙射线、超真空、重粒子、微重力、高变磁场等效应作用下，其微生物含量和繁殖能力发生惊人变动，用其酿造的白酒酒体丰满、口感纯净、绵甜爽口、回味无穷。
