2002年，当时的国务院副秘书长马凯牵头组织了一个关于食品安全管理体制的调研，最后有这样的评语：“目前食品安全体系很乱，都在强调部门行政。”
2003年机构改革中，原有的药监局前面加上了食品二字，成为一个新机构——国家食品药品监督管理局，它的任务是“组织协调、生产监督和对重大事故的查处”。这一新机构的诞生，最终决策过程十分迅速，并没有过多征求有关部门的意见，事先几乎没有任何舆论铺垫，就连不少“局内人”亦感突然。这显然是一项需要下很大决心的行动。
前任食品药品监督管理局局长郑筱萸对媒体表示，这一副部级机构的作用就是“抓手”，通过开会来协调几个正部级部门之间的关系。
郑筱萸说，部门和部门之间有不协调之处，今后要通过他们的工作来加以理清。比如职能交叉的地方到底划到哪个部门管。当前主要是各负其责，以后主要是协调关系，把不合理的规章制度理顺，把当前乱批的势头控制住，然后再把以前批得不当的重新整顿。
吴宜群认为，对于一些公众关心的食品安全问题的专家结论，应该由食品药品监督管理局统一发布，减少混乱。
但是在一系列食品安全的事件中，这一点并没有做到。一个农药残留的数据，三个部门都颁布了自己的结论，而国内关于肉类的检验标准也有三个——各个部门纷纷依据自己的专家力量，发表本部门的意见与看法，信息不对称的公众对此则无所适从。
“我们为什么不搞自己的结论？”一位业内人士告诉记者，在卫生部的内部会议上，面对其他部门作出的检测结果，卫生部的一位领导的第一反应不是对检测结果的考量，而是本部门的声音。
吴宜群说，科技部已经投入了1.5亿元资金，试图建设一个资源共享的平台，使得今后在食品安全的检测方面改变部门间各行其是，自说自话的局面，但是进展很缓慢。
“目前来看，这次改革并不成功。”这位在卫生系统工作多年的人士说，各个部门囿于各自的部门利益各行其政的局面并没有被打破。
这位人士举例说，虽然在历次机构调整中，卫生部的一部分职能被划分出去，但是在2002年，卫生部又成立了卫生监督中心，职能包括了食品卫生，化妆品卫生，饮用水与涉水产品卫生、消毒产品卫生、医疗服务卫生，职业卫生的监督，权力重新膨胀。
还有人解释说，一些部门都愿意建设自己的实验室和监测队伍，名为加强监管，实际进行的是“有偿服务”。因为企业没有抽检能力，委托检验是要收钱的，检测一头生猪五元钱，批一个认证万余元。因此各部门纷纷把工作重点放在最终产品监督上，都来搞抽检，搞认证，获得部门的经济利益。
系统
除了各部门之间自行扩权，造成食品药品监管局、卫生部、质检总局、农业部等几个“块块”之间的模糊地带，各部门从中央到地方的“条条”——垂直系统也十分复杂。卫生部、农业部从中央到地方均为分级管理；质检总局当中，商检系统属于垂直管理，其余机构属于分级管理。原药监局中央和省一级部门属于分级管理，而省以下部门属于垂直管理。食品药品监督管理局成立后，地方上尚无食品监管的职能部门，如何实行地方上的监管，也是未知数。
条块分割，更加剧了食品安全体系中的混乱局面。在2003年辽宁海城豆奶事件发生瞒报情况之后，卫生部就有专家指出：“地方上的卫生局长都是市长、县长任命的，你说他会听谁的？”
中国食品安全发展纲要的执笔人之一，国务院发展研究中心农村部部长韩俊认为，我国食品安全管理体制条块分割问题非常突出，一个有效的食品安全监管体系应该以清楚、合理、科学的国家食品法律体系为基础。在此基础上，应建立统一、权威的食品质量安全标准和检验检测体系。
国家正试图通过新一轮的改革重新厘清部门间的关系。2004年，国务院在《关于进一步加强食品安全工作的决定》中指出，今后各部门的职能划分是，农业部门负责初级农产品生产环节的监管；质检部门负责食品生产加工环节的监管，将现由卫生部门承担的食品生产加工环节的卫生监管职责划归质检部门；工商部门负责食品流通环节的监管；卫生部门负责餐饮业和食堂等消费环节的监管；食品药品监管部门负责对食品安全的综合监督、组织协调和依法组织查处重大事故。据称，这一职能分工的协调方案前后起草了十几稿之多。
对于公众来说，这些纠缠不清的部门利益不是，也不应当是他们关注的信息。一个，并且只有一个权威的负责任的声音，告诉他们苏丹红、双氧水、黄曲霉素，二恶英与健康生活的关系，这是普通民众的全部要求。这个要求背后，仍然将是艰难的制度设计与部门博弈。
(黄一琨 戴钦)
