为了保证绿色食品产品无污染、安全、优质、营养的特性，开发绿色食品有一套较为完整的质量标准体系。
绿色食品标准是应用科学技术原理、结合绿色食品生产实践，借鉴国内外相关标准所制定的，在绿色食品生产中必须遵守、绿色食品质量认证时必须依据的技术性文件。它既是绿色食品生产者的生产技术规范，也是绿色食品认证的基础和质量保证的前提。
绿色食品标准以“从土地到餐桌”全程质量控制为核心，由以下六个部分构成：绿色食品产地的环境标准、绿色食品生产技术标准、绿色食品产品标准、绿色食品包装标准、绿色食品贮藏与运输标准主和其它相关标准。它们构成了绿色食品完整的质量控制标准体系。
（一）绿色食品产地的环境标准
绿色食品产地的环境标准，即《绿色食品 产地环境技术条件》（NY/T391-2000，见附录3-1）规定了绿色食品产地的环境空气质量、农田灌溉水质、渔业水质、畜禽养殖水质和土壤环境质量的各项指标及浓度限值，监测和评价方法。制定这项标准的目的，一是强调绿色食品必须产自良好的生态环境地域，以保证绿色食品最终产品的无污染、安全性；二是促进绿色食品产地环境的保护和改善。为了确保NY/T 391-2000的正确实施，2000年，中国绿色食品发展中心在《绿色食品产地环境质量现状评价纲要（试行）》的基础上，重新编制了《绿色食品 产地环境质量现状评价技术导则》。
（二）绿色食品生产技术标准，绿色食品生产技术标准包括绿色食品生产资料使用准则、绿色食品生产操作规程。该标准是绿色食品标准体系的核心内容。其中绿色食品生产资料使用准则包括：
《绿色食品 食品添加剂使用准则》（NY/T392-2000）
《绿色食品 农药使用准则》（NY/T393-2000）
《绿色食品 肥料使用准则》（NY/T394-2000）
《绿色食品 饲料和饲料添加剂使用准则》（NY/T471-2001）
《绿色食品 兽药使用准则》（NY/T472-2001）
《绿色食品 动物卫生准则》（NY/T473-2001）
《绿色食品 渔药使用准则》（NY/T755-2003）
以上准则规定了生产绿色食品准用、禁用和限制使用的生产资料，从而为截断生产中的污染源，确保绿色食品产品不受污染提供了保证。
绿色食品生产操作规程是以上述准则为依据，按作物种类、畜禽种类和不同农业区域的生产特性分别制定的，用于指导绿色食品生产活动，规范绿色食品生产技术的技术规定。绿色食品生产操作规程包括农产品种植、畜禽饲养、水产养殖和食品加工等操作规程。早在1997年，中国绿色食品发展中心已按华南、华中、华北、华东、东北、西南、西北等七个农业区域分别制定了绿色食品蔬菜、果树、粮食、油料等作物的生产操作规程。
（三）绿色食品产品标准
绿色食品产品标准是衡量绿色食品最终产品质量的指标尺度，它虽然与普通食品的国家标准一样，规定了食品的外观品质、营养品质及卫生品质等内容，但其卫生品质要求高于国家现行标准，主要表现在对农药残留和重金属的检测项目种类多、指标严，反映了绿色食品生产、管理及质量控制的先进水平，突出了绿色食品产品无污染、安全的卫生品质。截止2002年底，中国绿色食品发展中心制定45个绿色食品产品标准。
（四）绿色食品包装标准
《绿色食品 包装通用准则》（NY/T658 -2002）规定了绿色食品包装须遵循的原则，包括绿色食品包装的要求、包装材料的选择、包装尺寸、包装检验、抽样、标志与标签、贮存与运输等内容从而防止最终产品遭受污染，防止过度包装造成资源的耗废，同时，有利于消费者使用和识别。
（五）绿色食品贮藏、运输标准
这项标准对绿色食品贮运的条件、方法、时间做出规定，以保证绿色食品在贮运过程中不遭受污染、不改变品质，并有利于环保、节能。
（六）其它相关标准
绿色食品标准还包括《绿色食品推荐肥料标准》、《绿色食品推荐农药标准》、《绿色食品推荐食品添加剂标准》和《绿色食品生产基地标准》等等。此类标准不是绿色食品质量控制必需标准，而是一项促进质量控制管理工作的辅助性标准。
以上标准对绿色食品产前、产中、产后全程质量控制技术和指标做了明确规定，既保证了绿色食品产品无污染、安全、优质、营养的品质，又保护了产地环境，并使资源得到合理利用，以实现绿色食品的可持续生产，从而构成了一个完整的、科学的绿色食品标准体系。
