一般来说，食品污染主要有生物性污染、化学性污染和放射性污染三大类，其中以生物性污染(通常指食品被有害的细菌、病毒、寄生虫和真菌污染)引起食源性疾病的现象较为普遍，近些年化学性污染(如甲醇、甲醛、亚硝酸盐、重金属、有机磷农药及化学防腐剂等)急剧增加，食物中毒事件时有发生。可以说，从农田到餐桌整个过程中的任何环节都有可能受到有害物质的污染。
生产、产后两环节潜在危害安全因素
影响我国食品安全的主要因素，可以分别以生产(种植、养殖)和产后(加工、物流、销售)两大部分进行粗略分析。
——生产环节存在的危害因素。农副产品的生产源头存在严重的不安全因素。我国农产品生产多以农户为单位，个体作业是主要经营方式，在种植、养殖的过程中，质量监控难度相当大。由于农村文化技术水平整体较低，在单纯追求高产量、低成本的观念驱使下，为了获得粮食、蔬菜、果品、水产、畜禽等产品的高产量和外观质量，农牧生产者违规使用农药、兽药的现象以及非法使用违禁药物现象较常见。国家明令禁止或限制生产使用的农药、兽药引起的食物中毒事件频频发生，蔬菜的有机磷农药残留超标违规现象依然如故，甚至连药检专家都难以说清，圈养的畜禽到底被喂养了多少种药物添加剂。
——产后环节存在的危害因素。食品加工领域存在多种不安全因素。首先是由于市场分化造成质量低劣食品在现阶段仍有较大的生存空间：一方面有国外大量洋食品及其生产企业涌入中国，加剧了我国食品市场的竞争，一方面消费主体两极分化明显，低收入阶层趋向低端消费。其次，我国食品生产加工企业多、规模偏小，在目前一百多万家食品企业中，约70％是10人以下的家庭作坊式企业，大多缺乏生产合格食品的必备条件，普遍使用原始设备和廉价劳动力，工艺落后，加工粗糙，在原料和化学添加剂使用上不规范，易使有毒有害物质进入食品产品，甚至超量使用代用品减少食品有效成分，以低成本、低售价为主要手段参与市场抗衡。这些低价的、初级的加工食品面广量大，其危害及潜在危害相当严重。
——产品趋同和低价竞争因素。相对较具规模的城市食品加工企业，由于体制等多种原因，面临市场的国际—体化竞争，尚未能够形成集约效应，在质量管理、产品开发、市场经营等方面理念滞后，在加工和包装工艺上非但没有向国际先进技术靠拢，有的甚至趋同于农村初级加工和低价竞争，更加重了食品的不安全因素。
缺乏检测手段、质量安全监控措施缺位
——食品流通领域秩序混乱。全国食品经营企业多达三百余万家，大多为个体工商户，缺乏必要的食品储运设施，经营管理落后。大多数食品批发市场缺乏有效的安全检测手段和质量控制措施，使造假者有机可乘，甚至成为假冒伪劣食品的集散地。一些不法食品生产经营者时常伪造滥用标志，欺骗和误导消费者，甚至有一些不法经营企业贪图私利，蓄意出售过期或变质食品的现象屡禁不止，农贸市场内注水肉屡见不鲜。大量不安全食品仍然在不断地流入农村市场、挤占城市市场。与此同时，由于没有相关设施，几乎所有的餐饮部门都不会对食品原料进行科学检查。
——政府宏观调控不明，监管力度薄弱。一方面是政府缺乏对食品安全的政策引导，食品安全管理的重点还没有脱离“终端”模式，仍然是以产品质量监督检验为主要形式，一旦发现不合格食品，对企业、对市场、对消费者都已造成较大损失。另一方面是政府对食品安全监管政出多门，缺乏统一手段，食品生产经营企业常常要同时接受工商、质监、卫生和政府有关部门的食品质量监督检查，不仅加重了企业负担，也使企业找不着头绪。另外，与食品质量相关的产品标准滞后，标准总体水平偏低，部分标准之间交叉、矛盾，重要标准短缺，标准的前期研究薄弱，部分标准的实施状况较差等等，造成食品安全监管的执行困难。
食品安全应有整体和长远的导向
——建议政府出台国家食品工业发展规划白皮书，从宏观角度对食品工业发展和食品安全问题分门类分阶段地提出目标与方针。目前，国务院已作出“关于进一步加强食品安全工作的决定”，大多数省市政府也已针对开展食品安全专项整治工作提出实施意见，希望国家对食品业的发展和食品安全有一个整体的长远的导向。
——从源头上防止农产品污染。提倡“无公害食品”、“绿色食品”、“有机食品”，根据地方特点确定种植、养殖结构的宏观计划，有机地组织各地区优势农产品生产，并给予适当的政策优惠和舆论导向支持。大力完善农业技术推广机构，指导农业生产者科学种植、科学养殖，继续推广国家“无公害食品行动计划”，建立统—规范的农产品质量安全标准体系。
——大力提高食品工业水平。优化产品结构，鼓励名优产品生产，扶持规模化、集约化的食品企业集团，强化“原料—加工—流通—销售”的全程质量管理。建议在全行业推广IS0、HACCP认证，实行质量体系化的管理，并以此作为市场安全准入的“一票否决制”，取缔不具备食品安全生产条件的加工企业。
——加强食品流通领域的监管和惩治力度。食品安全问题是关系到国计民生的大事，应由政府统一组织，全面落实市场巡查制度，严格实行不合格食品退市制度，强化食品安全标识和包装管理，严格控制食品添加剂的生产和使用，并组织好高效低毒的食品添加剂的研制生产，坚决堵塞食品流通领域的监管漏洞。
——高度重视食品安全宣传和监督。充分发挥新闻媒体的舆论监督作用，既要继续揭露、曝光食品安全方面的违法犯罪行为，又要大力普及食品安全知识，培养消费者自我保护意识，消除“见怪不怪”现象，努力营造人人关心食品安全、人人重视食品安全的良好社会氛围，就像治理交通安全一样，全民努力，共同保障食品安全。
