一、為执行食品卫生管理法第六条第一项规定，蒐集并受理疑似食品中毒事件之通报，各级主管机关应依本要点附件一处理流程办理疑似食品中毒事件之通报、调查、採样、检验、处理及报告。
二、发生疑似食品中毒事件，医疗机构应依食品卫生管理法第六条规定於二十四小时内向当地主管机关报告。
三、当地卫生局於接到疑似食品中毒事件通报后，应即派员调查食品中毒发生经过，追查可疑食品来源及其贮藏、处理与烹调方法，并至食品中毒案件通报调查管理系统填写「食品中毒事件调查简速报告单」，传送予相关卫生局及食品药物管理署。
(一)食品(药)科(课)负责可疑食品来源及其製造场所之调查处理，包括供应食品场所之稽查辅导、食品製程、製造环境等。
(二)主办及协办之县市卫生局分工原则如下：
1.有下列情况者，应為主办县市卫生局：
(1)涉嫌食品之食品供应者所在之县市。
(2)可能涉嫌之食品供应者不只一处，则以首位就医个案症状发生前用餐场所之食品供应者所在之县市。
2.其它与案件相关之县市為协办县市卫生局。
(三)疑似食品中毒案件符合「中毒人数达50人或以上者」、「食品中毒事件有持续扩散之虞」、「社会大眾关注事件」、「病因物质特殊者(如肉毒桿菌、麻痺性贝类毒素等)」或「其他特殊因素」等原则，需填写支援申请单(附件二)向疾病管制署申请啟动流行病学调查，食品药物管理署得派员参与调查。肉毒桿菌中毒通报案件，应依「疑似肉毒桿菌中毒案件处理原则」(附件三)处理。
四、疑似食品中毒事件相关检体之採样分工原则如下：
(一)食品检体(食餘、嫌疑食品等)及环境检体(刀具、砧板、饮用水、洗涤水等)：由卫生局食品(药)科(课)主办。
(二)人体检体包括患者(肛门拭子、粪便、呕吐物等)及厨工检体(肛门拭子、粪便、手部伤口、鼻腔等)：由卫生局疾管科(课)主办。
五、疑似食品中毒事件相关检体之检验分工原则如下：
(一)由卫生局检验单位进行食品及环境检体检验。
(二)由疾病管制署(或其所属各分局)进行人体检体检验。
(三)卫生局检验单位因设备不足无法检验或有传染性疾病之嫌疑时，应儘速检同「食品中毒事件调查简速报告单」及相关检体，以适当方法逕送中央主管机关检验。
六、疑似食品中毒事件经调查、採样及检验后，应予适当处理：
(一)涉嫌重大之產品须採取必要之预警或控管措施，并立即将详细资料转陈食品药物管理署或有关单位协助处理。
(二)对於各该食品业者，得命其限期改善或派送相关食品从业人员至各级主管机关认可之机关（构），接受至少四小时之食品中毒防治卫生讲习；调查期间，并得命其暂停作业、停止贩卖及进行消毒，并封存该產品。
(三)经卫生局进行稽查结果，食品业者之从业人员、作业场所、设施卫生管理及其品保制度，未符合食品之良好卫生规范準则，经命其限期改正，届期不改正者，依食品卫生管理法四十四条进行裁处。
(四)涉嫌食品经检验确认有毒或含有害人体健康之物质或异物，或染有病原性生物，或经流行病学调查认定属造成食品中毒之病因，依食品卫生管理法四十四条进行裁处，涉嫌食品应予没入销毁。命限期回收销毁產品或為其他必要之处置后，食品业者应依所定期限将处理过程、结果及改善情形等资料，报直辖市、县（市）主管机关备查。
(五)致危害人体健康者，应检具案件完整之调查报告(包括检验结果、流行病学调查结果及其它相关资料)，移送司法机关。
(六)学校、机关、团体自办团体膳食不论自办或委办，因其关係眾多食用者之饮食卫生及身体健康，故均应妥善管理。食品卫生管理法之规范对象，包括所有行為人，并不限於食品业者，故自办团体膳食者，亦应遵守该规定。
(七)食品中毒事件，若未进行病原菌之检验或经检验而未能检验出病原菌时，仍可依患者之访谈纪录及合格医师之诊断，就具体事件应用流行病学之科学原理进行研判，结果明显与某食品有因果关係且涉有嫌疑时，即应移送司法机关。
(八)涉及农畜禽水產品等生鲜原料食品引起之食品中毒事件，儘速联繫有关单位或食品药物管理署，协调农业主管机关决定因应措施。处理原则如下：
1.请农业主管机关将可能涉案之农畜禽水產品封存，暂停贩卖、陈列，会同农业单位调查生產过程是否违法使用农药、动物用药，并请农业主管机关暂停农畜禽水產品採收。
2.检验结果若确定係造成中毒之原因食品，将涉案之农畜禽水產品会同县市农业单位销毁，并迅速告知农业主管机关，除非危险因素解除，否则应请农业主管机关禁止该生產农户產品之上市。
七、疑似摄食食品造成个案死亡之案件，处理原则如下：
(一)经查确為食品中毒致死，由卫生局进行相关食品之调查、採样、封存、消毒、追踪及检验。
(二)不明原因及恶意下毒致人体產生危害或死亡之案件，属司法案件，相关检体由司法体系检验系统进行检验。如司法机关委託卫生局进行检验，可视本身检验能力考虑是否接受，如司法机关委託代转，应婉拒并请其逕洽中央主管机关，以免耽误时效及发生检验项目因设备不足无法代验之困扰。
八、县市卫生局应将疑似食品中毒事件调查过程、检验资料及处理结果报告中央主管机关：
(一)传染病：由疾管科(课)汇整陈报。
(二)食品中毒：由食品(药)科(课)汇整陈报。
(三)食品中毒事件由食品药物管理署进行资料汇整及统计。
(四)经研判為法定传染病相关食品中毒事件，由食品药物管理署与疾病管制署依分工发布新闻稿。
