海口药品监督管理局是2002年1月成立的政府行政执法部门，2004年更名为海口食品药品监督管理局，属省食品药品监督管理局和市委市政府双重管理。承担对药品（医疗器械）研制、生产、流通、使用全过程监管职能；核发药品零售企业经营许可证，核发医疗器械零售企业经营许可证，市级新闻媒体药品广告监管，药品零售企业信息统计，药品零售企业业务培训，零售企业的非处方药、特殊药品、医疗器械管理，药品不良反应监测，受理投诉，日常监督检查与执法，查处药品和医疗器械违法行为以及上级交办的其它任务。
2004年，市政府同时成立了海口市食品安全协调委员会，下设办公室在我局，并从我局抽调人员负责该办公室日常工作。主要承担食品安全综合监督、组织协调和依法组织开展查处重大食品安全事故职能，但不代替农业、质监、工商、卫生等食品安全监管环节执法，是市委、市政府食品安全工作的“总抓手”和“参谋部”。
按照省、市机构改革方案要求，2009年11月份，我局由省食品药品监督管理局垂直管理单位改制为市政府管理的政府工作部门，职责是在继续行使药品监管职能的基础上，增加对餐饮业、食堂等餐饮服务环节的食品行政许可和监督管理职责和保健食品、化妆品行政许可及监督管理。
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