(一)继续承担原自治区药品监督管理局的职能。
(二)组织实施国家食品、保健品、化妆品安全管理法律、法规及相关政策、工作规划；组织有关部门制订、修订地方性食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督政策、工作规划并监督实施。
(三)依法行使食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督职责，组织协调有关部门承担的食品、保健品、化妆品安全管理工作。
(四)依法组织开展对食品、保健品、化妆品重大安全事故的查处；根据自治区政府授权，组织协调开展辖区内食品、保健品、化妆品安全的专项执法监督活动；组织协调有关部门开展食品、保健品、化妆品安全重大事故应急救援工作。
(五)综合协调食品、保健品、化妆品安全的检测和评价工作；会同有关部门制订全区食品、保健品、化妆品安全监管信息发布办法并监督实施，综合有关部门的食品、保健品、化妆品安全信息并定期向社会发布。
(六)组织实施国家药品管理的法律、法规，起草地方性药品管理法规、规章并监督实施；依法实施中(藏)药品种保护制度；利用监督手段，配合宏观调控部门贯彻国家和自治区医药产业政策。
(七)组织实施国家医疗器械管理的法律、法规；依法审核、核发医疗器械产品注册证和生产许可证；监督实施医疗器械产品有关国家标准、行业标准、生产质量管理规范。
(八)负责药品注册的审核申报工作，监督实施国家药品标准，监督实施保健品市场准入标准，负责保健品的审核报批工作，审批注册医院制剂品种；组织实施处方药和非处方药分类管理制度；负责开展药品的再评价、不良反应监测、临床实验(验证)、临床药理基地和淘汰药品的审核和申报工作。监督实施药物非临床研究质量管理规范、临床实验质量管理规范。
(九)监督实施药品研究、生产、流通、使用方面的质量管理规范；依法核发药品生产企业、经营企业、医疗机构制剂许可证；组织制订保健品质量管理规范并负责认证工作，依法核发保健品生产企业许可证，依法核发医药包装材料(含容器)生产、经营许可证，组织实施辖区内药品生产企业GMP(即药品生产管理质量规范)认证；药品经营企业GSP(即药品经营质量管理规范)认证；中(藏)药材生产GAP(即中(藏)药材生产质量管理规范)认证。
(十)监督生产、经营企业和医疗机构的药品、医疗器械、保健品、卫生材料、卫生包装材料质量；发布辖区内药品、医疗器械、保健品、卫生材料、卫生包装材料质量公报；依法查处制售假劣药品、医疗器械、保健品、卫生材料、卫生包装材料的违法犯罪行为；指导药品检验机构开展业务工作；审核药品、医疗器械、保健品、卫生材料、卫生包装材料广告。
(十一)依法监管麻醉药品、精神药品、毒性药品、戒毒药品、放射性药品和特种药械。
(十二)实施执业药师资格认定工作，负责执业药师的注册、培训、继续教育工作。
(十三)负责对药品招标代理机构资格认定；对从事经营性互联网药品信息服务的初审；对从事非经营性互联网药品信息服务的审核。
(十四)领导自治区以下食品药品监督管理机构。
(十五)承办自治区政府交办的其他事项。
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