良好生产规范（GMP）和卫生标准操作规程(SSOP）是建立HACCP的前提性条件或基础程序。HACCP的基础程序一般都要符合政府的卫生法规，各类行业的作业规范、GMP或SSOP规程等。通常HACCP的支持程序主要涉及生产区域的清洁，检测器具的准确度，虫害控制和监控岗位人员的专门培训等内容。
根据CAC和FDA.的论述，我们可以得出这样的结论，即GMP, SSOP是制定和实施HACCP计划的前提和基础，也就是说，如果一企业达不到GMP法规的要求或没有制定有效的、具有可操作性的SSOP或没有有效的实施SSOP、则实施HACCP计划将成为一句空话。
GMP、SSOP与HACCP的关系，实际上是一个三角关系，即GMP是整个食品安全控制体系的基础，SSOP计划是根据GMP中有关卫生方面的要求制定的卫生控制程序，HACCP计划则是控制食品安全的关键程序。这里需要强调的是，任何一个食品企业都必须首选遵守GMP法规、然后建立并有效实施SSOP计划，GMP与SSOP是互相依赖的，只强调满足卫生方面的SSOP及其对应的GMP条款而不遵守GMP其他条款也是错误的。
HACCP遵循“PDCA”的管理原则。与iso9000质量管理体系类似。它也采用“过程”方法进行管理；提倡管理者的领导核心作用和全员参与；强调监视测量；并要求对质量记录、文件和数据进行控制管理等。
但是，HACCP对食品企业的管理目标，特别是卫生安全目标的要求更明确，管理内容也更具体。它强调食品企业严格遵守食品和卫生法律法规，建立以HACCP计划，良好操作规范(GMP)和卫生标准操作规程(SSOP)为核心的三级食品安全管理体系。因此，HACCP在对食品安全危害和质量的控制上更具体、在管理技术措施上更富有针对性和有效性。
目前，大多数的食品企业采取HACCP与ISO9000两套系统独立运行，部分程序共用的运作模式。企业可以根据需要同时或分别申请HACCP认证。
