欧盟委员会专门制定水产品投放市场的卫生条件的规定（91/493/ec指令），而且要求向欧盟市场输出水产品的加工企业必须获得欧盟注册。欧盟对进口水产品质量和卫生要求越来越严，而且必须从原料生产开始，保证生产过程的各个环节达到质量要求，从而确保最终产品的质量，即建立一个完整的质量保证体系，全面推行haccp制度。欧盟对进口水产品的检查包括新鲜度化学指标、自然毒素、寄生虫、微生物指标、环境污染的有毒化学物质和重金属、农药残留、放射线等63项，其中氯霉素、呋喃西林、孔雀石绿、结晶紫、呋喃唑酮、多氯联苯等为不得检出；六六六、ddt、组胺、麻痹贝类毒素等有严格的限量指标，而且有越来越严格的趋势。按照欧盟2001/466/ec指令要求，鱼中镉、汞、铅的最大残留限量由原来1000ppm分别改为50ppm、500ppm和200ppm。对致病菌，细菌总数要求控制在5×105/g（30℃），其中沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、单胞增生李斯特菌、霍乱弧菌、副溶血性弧菌、大肠杆菌为不得检出。
