1、食品的污染
按食品污染的性质来分，有微生物性污染、化学性污染、放射性污染、寄生虫污染；按食品污染的来源划分有原料污染、加工过程污染、包装污染、运输和贮存污染、销售污染；按食品污染发生的情况来划分，有一般性污染和意外性污染。目前以畜禽肉品残留激素或兽药的问题日益突出，可能成为21世纪的重点食品污染问题。国际上使用的兽药达40多中，激素使用品种发展也很快。对此，许多发达国家已建立起畜禽肉品中激素兽药的检测方法和残留标准，我国在这方面已建立了部分标准。
2、食源性疾患
食源性疾患是指通过摄食而进入人体的有毒有害物质(包括生物性病原体)所造成的疾病。一般指感染性和中毒性，包括常见的食物中毒、肠道传染病、人畜共患传染病、寄生虫病及化学性有毒有害物质所引起的疾病。食源性疾患的发病率居各类疾病总发病率的前列，是当前 世界上最突出的卫生问题。近20多年来，不少国际组织或发达国家对食源性疾患的定义、范围、流行因素、危害程度以及对社会经济发展影响等方面的研究有了很大进展。许多慢性病 ，如心血管疾病、肿瘤等等，也纳入食源性疾患管理。我国目前还拿不出比较完整的能客观反映我国食源性疾患情况的资料。我国历来重视食物中毒的防治工作，这是很有必要，也很重要的，但不能仅限于此，因食物中毒仅为食源性疾患的一部分，不能真实地反映因食物不卫生或不安全所造成的危害。正因如此，国际组织或发达国家已很少使用“食物中毒”这个概念，而改用“食源性疾患”。
3、食品工程新技术所带来的问题
食品工程新技术多数引用化工、生物以及其他的生产技术领域。对食品卫生有一个认识过程 ，如对辐身食品的安全性就经历过许多研究和讨论，现在对辐射食品的管量尚未放开。被认为下一世纪有广阔前景的“疫苗食品”，有必需对其它全性进行深入研究；食品工程新技术 所使用的配剂、介质、添加剂及其对食品卫生质量的影响不能忽视。食品工程新技术可能带来很多的食品卫生问题新课题。
4、食品标识滥用的问题
食品标识是现代食品不可分割的重要组成部分。各种不同食品的特征及功能主要是通过标识 来展示的。因此，食品标识对消费者选择食品的心理影响很大。一些不法的食品生产经营者时常利用食品标识的这一特性，欺骗消费者，使消费者受骗，甚至身心受到伤害。现代食品 标识的滥用比较严重，主要有以下问题：(1)伪造食品标识。伪造食品，实际上是伪造食品标识，没有伪造的食品标识，也就无法认定伪造食品；(2)夸大食品标识展示的信息，用虚 夸的方法展示该食品本不具有的功能或成分；(3)食品标识的内容不符《食品卫生法》的规定；(4)外文食品标识。进口食品，甚至有些国产食品，利用外文标识，让国人无法辩认。 随着社会的进步，消费者会越来越重视食品标识。
