农业部官方数据显示，目前，全国畜禽粪污年产生量约38亿吨，其中畜禽直接排泄的粪便约18亿吨，养殖过程产生的污水量约20亿吨。
从不同畜种来看，生猪是大头，全国生猪粪污年产生量约18亿吨，占总量的47%;牛粪污年产生量约14亿吨，占总量的37%，其中奶牛4亿吨、肉牛10亿吨;家禽粪污年产生量约6亿吨，占总量的16%。
其实畜禽养殖废弃物的资源化利用空间很大。例如，堆沤等方式制作的农家肥、工厂化生产的商品有机肥和沼气工程产生的沼肥(沼渣、沼液)，通过就近就地肥料化利用，对于改良土壤、培肥地力、促进农作物增产增收有重要作用，也是促进种养结合，实现农业绿色可持续发展的根本手段。
据测算，全国畜禽固体粪便全部利用，年可生产有机肥3.5亿吨。
此外，能源化也是畜禽养殖废弃物利用的一个重要方向。目前一般通过建设沼气工程，对粪便等废弃物进行厌氧发酵处理，生产沼气、生物天然气或发电上网。能源化利用进一步拓展了粪便的资源价值，实现了高值高效利用，为农村提供了清洁可再生能源，减少了二氧化碳温室气体排放，促进了节能减排。据测算，全国畜禽粪便理论沼气产生量超过1000亿立方米，可发电1600亿千瓦时，具有较大的市场开发潜力。
在推动畜禽养殖废弃物资源化利用的具体推进过程中，全国畜牧总站站长、国家畜禽养殖废弃物资源化利用科技创新联盟理事长杨振海提到了三个主要困难：
一是畜禽养殖与农业种植主体分离，种养结合不紧密，畜禽粪便还田难;
二是一些地方畜禽养殖规模超出土地、水资源等环境可承受范围，畜牧业区域布局不平衡，畜禽养殖总量与环境容量不匹配，特别是南方水网地区，这个问题相对比较突出;
三是一些地区过于强调畜禽养殖造成的污染问题，对发展畜牧业积极性不高，大幅度调减畜禽养殖规模，影响了畜牧业稳定发展和保障畜产品市场有效供给。
其中最主要的难点，在于废弃物综合利用成本高。
主要有三个方面的原因：
一是当前农牧结合的激励机制还没有真正形成。
二是废弃物综合处理利用技术模式相对比较滞后。
三是成本较高，部分养殖企业难以承受。
