1、原种被国外控制
种猪生产位于生猪产业链的顶端，利润大，技术含量高，是养猪业的核心竞争力，是养猪强国的重要标志，也是我国养猪业最薄弱的环节
我们不妨回顾下近5年以来中国从国外引进种猪的数量：2009年引进2488头，2010年引进2918头，2011年引进7166头，2012年引进12580头，2013年14312头。
从这些数字上来看，中国已成为名副其实的世界最大种猪进口国，同时也导致中国常年只能充当养猪强国“打工者”的角色。造成这种现象有一个重要原因---“长期重引进轻选育”，从而陷入“引种—退化—再引种”的怪圈，可叹可悲。
2、饲料资源匮乏
我国饲料资源匮乏有两大原因：一是消费量大，二是技术不过关，造成的浪费现象严重。
据测算：2020和2030年我国饲料用粮将分别占粮食总量43、50。随着人民生活水平的不断提高，人们对畜产品的需求量日益增大，人畜争粮矛盾日趋突出，饲料资源不足已经成为制约我国养猪业发展的瓶颈问题。
一方面由于粮食供需平衡的脆弱，导致饲料原料供应紧张，尤其是蛋白质饲料资源严重依赖进口;另一方面，由于在饲料原料应用研究方面投入不足，可利用氨基酸为基础配方技术推广不力，非常规饲料资源开发力度不够，加之中国饲料转化效率偏低，造成了现有资源的严重浪费。
3、疫病严重
随着我国养猪业的扩大，养猪数量上去的同时，猪的疾病种类也越来越多，养殖户是防不胜防。
一方面原有的对猪威胁较严重的疾病尚未得到全面、有效的控制，如大肠杆菌病、猪瘟、口蹄疫等。
另一方面，由于种猪和疫苗的进口，一些新的传染病也随之带入，如猪的繁殖呼吸综合征、断奶仔猪多系统衰竭综合征等，目前尚无有效的防治办法。
我国对养猪生产环境中有害微生物和有害气体的快速检测和控制、环境的消毒管理规程、卫生控制的规范、卫生控制标准等还缺乏系统研究，加之种猪交流的频繁和商品猪流通的无序状态，防疫体系不完善，疾病的综合防制措施不力，严重地危害了养猪业的发展。
