市食药监局紧紧围绕保障公众食品药品安全的目标，深化行政执法和刑事司法相衔接（行刑衔接）工作，在依法查处违法行为过程中将涉嫌犯罪的案件移交公安机关，确保违法行为依法办理，不断推动全市打击食品违法犯罪工作向纵深化方向发展，主动出击、联合作战，严厉打击危害食品药品安全的违法犯罪行为，着力解决群众关心关注的焦点、热点问题，取得了明显成效。
联合印发行刑工作《实施细则》
2015年12月，国家食药监总局、公安部、最高人民法院、最高人民检察院、国务院食安办《食品药品行政执法与刑事司法衔接工作办法》（下称《工作办法》）出台后，市食安办高度重视，组织相关单位学习《工作办法》，重点对照其要求，对我市已实施的行刑衔接制度“回头看”、找差距。
2016年上半年，市食安办会同相关单位在学习《工作办法》的基础上，结合已有工作基础和实际情况，进一步深化认识、统一思想，广泛征求意见，组织专门班子起草了《重庆市食品药品行政执法与刑事司法衔接工作办法实施细则》，并通过书面和座谈会的形式征求了食安办成员单位、部分基层食药监分局、公安局、法院和检察院意见，经食安办会议审议，10月10日联合印发了《重庆市食品药品行政执法与刑事司法衔接工作办法实施细则》（下称《实施细则》）。
《实施细则》分六章49条，在国家《工作办法》基础上，增加了移送案件立案、不予立案、撤销立案等具体程序规定，涉案物品处置程序，对无检验标准物品专家评估认定的程序规定等内容，对《工作办法》中规定协作配合、信息通报等结合我市实际进行了细化。
《实施细则》执行以来，各基层食药监分局、公安局和法院、检察院对食品药品案件移送、涉案物品处置、技术鉴定认定等有更明确的操作指南，案件移送数、公安刑事立案数和起诉数都较上年同期有所增长；规范了行刑衔接机制，将案情协商、联席会议、联络员制度等在《实施细则》中固化下来，进一步拓展了全市食药监与公检法的协作平台；结合我市实际，将涉案物品处置等制度化、程序化，让各单位在处置食品药品案件涉案物品时有章可循。
建立一体化打击违法行为机制
2016年，市食药监局与市公安局在建立完善联络联席、案情会商、绿色检鉴等10项协作机制的基础上，将行刑衔接升级为行刑互动，原来单一的案件移送转变为食药监局与公安局的整体打击，全市打击食品药品违法犯罪工作取得突出成效。
为实现行政执法与刑事司法由衔接向互动转变，市食药监局将相关食品检验检测机构名单、检验检测资质和项目情况全部通报公安机关，为公安机关侦办食品犯罪案件提供必要的技术支持；与市公安局就打击网络食品药品违法犯罪达成合作备忘录，在公安机关建立12331数据镜像，共享公安机关相对成熟的网络违法犯罪监测、取证、固证系统，大幅提升了网络食品药品违法犯罪发现和打击力度；在市食品药品检验研究院开辟专门绿色通道，承担各级公安机关摸排食品安全犯罪线索和办理食品安全犯罪案件的检验任务，做到优先受理、优先检验、优先出具检验报告。
同时，加强督促检查，将行刑衔接作为对区县食药监分局稽查工作考核的重要内容，对应移而未移的涉刑案件坚决扣分并通报，对创新开展行刑衔接工作取得成效的及时鼓励表彰，着力形成全市食药行刑衔接一盘棋的工作格局。
此外，还与市公安局探索建立了同部署、同督查、同表彰的“三同工作机制”，对重大工作通过联合下发通知、联合召开会议等形式共同部署；对全市打击食品药品违法犯罪工作共同督促检查，发现问题共同提出整改要求；对工作成绩突出的基层单位和个人共同表彰奖励，进一步巩固了食药监局与公安局在打击食品药品违法犯罪方面的良性互动。
目前，我市部分区县已成立“打击食品药品违法犯罪联合执法办公室”，由公安局指派专人到食药监分局联合办公，当地政府划拨专项工作经费，承担共同执法、犯罪线索摸排、信息沟通等职责，取得显著成效。
