随着我国水产养殖集约化程度的不断提高、饲养密度的增加，水产动物病害也迅速增多，导致水产品中农药和兽药残留污染日益严重。水产品中药物残留是指水产品的任何食用部分中，药物的原型化合物或者其代谢物，及与药物本体有关杂质的残留。近年来，有关水产品药物残留危害的报道越来越多，人体如果长期低剂量摄取水产品中的药残，会影响健康，表现为：毒性作用、过敏反应、变态反应、体内细菌耐药性增加、人体体内微生物平衡紊乱、三致作用、性早熟作用等等。目前，水产品药物残留问题不仅对人体健康造成潜在危害，而且还影响着水产品进出口贸易。我国加入世贸组织后，水产品出口面临更加严峻挑战，国外限制水产品药残的项目越来越多，限量越来越低，水产品的药物残留已然成为进出口贸易瓶颈。
导致水产品中农药和兽药残留污染的主要原因有：使用过未经批准的药物或禁止使用的药物，不正确使用或滥用药物，不遵守药物休药期，水产品及制品加工时受药物污染或储藏、运输方法不当，养殖水域环境污染等。如孔雀石绿是有毒的三苯甲烷类化合物，既是染料，也是杀真菌、杀细菌、杀寄生虫的药物，长期超量使用可致癌，早在2002年5月就列入《食品动物禁用的兽药及其化合物清单》中，禁止用于食品动物。但因为其价格便宜，治疗水霉病有特效，而目前市面上还暂无针对水霉病的特效药物，所以孔雀石绿在水产也禁止多年却禁而不止。同时工业高速发展带来的新型有机污染物也导致养殖水环境的污染，进而导致水产品中新型有机污染物残留状况日益严重，如多氯联苯等物质。
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