台湾地区“食药署”针对基因改造食品已采取原料源头边境查验及后市场监测的双重管理机制。
在源头边境查验管理部分，“食药署”已针对港埠边境进口报验项目为非基因改造的大豆及玉米等，在输入时应检附产品或原料为非基因改造的证明文件，包括IP （Identity preservation）证明、或其他可证明非基改的官方文件、或检测项目涵盖所有已通过查验登记基改品系的检验报告，并依风险管控原则针对抽中批进行检验，以强化非基因改造大豆及玉米的进口管理。另如系属基因改造产品，则应检附出口国厂商出具的声明文件，载明该批货物所含转殖品系的国际统一编号或通用代号，文件上叙明“This shipment of soybeans may contain genetically modified event as following…”，或相同意义的说明，文件上还须载明可与该批货物链接的信息。
在后市场监测管理部分，“食药署”依据境内基因改造食品标示制度的实施，进行年度“台湾市售基因改造食品标示调查”，每年监测约250件市售产品，自2003年（不合格率为57.0%）持续监测至2014年，不合格率已降至7.1%，不符合标示规定的市售食品，皆函请辖区卫生局依法处办并辅导业者进行正确标示。另为落实源头管理，“食药署”于2016年度已责成地方政府卫生局，针对境内34家资本额3，000万以上大豆油脂及酱油酿造工厂，针对其黄豆来源及产品标示共查察161项大豆油脂及酱油产品，产品标示皆符合规定。此外，“食药署”于2016年度也已规划办理“机关学校福利社及午餐膳业稽查项目”、“餐盒食品工厂HACCP稽查项目”及“豆制品制造业稽查项目”，持续针对校园午餐及食材部分进行基因改造食品标示及来源查核，以保障消费大众权益。
“食药署”提醒业者，基因改造食品标示的新制已实施，如经查获产品未依规定标示，依食品安全卫生管理法第47条规定，处新台币3万至300万元罚款；如标示有不实、夸张或易生误解等违反同法第28条规定的情形，依据同法第45条第1项规定，处新台币4万元以上400万元以下罚款。
