澳大利亚食品进出口是由农业和水资源部（以下简称农资部）监管的。进口食品按风险程度的不同进行不同的管理，而出口食品按指定和非指定货物分别管理。
管理部门
查阅官方网站发现，澳大利亚作为一个联邦制国家，对食品安全监管方面分为三个层面，即联邦政府层面、州及地区层面、地方层面，食品安全标准及政策的制定则由澳新食品标准局(FSANZ)负责，而进出口食品的安全则由澳大利亚农资部规管。农资部负责对出口食品中农兽药残留以及环境污染物残留进行监测，还负责管理进口食品检验计划（IFIS），对进口到澳大利亚的食品进行监测，确保该食品满足澳大利亚公共健康和安全要求并符合法典规定。
法律基础
澳大利亚进出口食品相关法案包括《进口食品管理法1992》、《进口食品管理条例1993》、《进口食品管制2001》、《出口控制法案1982》、《乳及乳制品出口控制条例》、《蛋及蛋制品出口控制条例》、《肉及肉制品出口管理条例》等。《进口食品管理法1992》要求所有进口到澳大利亚的食品必须符合《澳大利亚新西兰食品标准法典》，包括食品添加剂。
进口管理
食品伙伴网研究发现，澳大利亚通过制定进口食品检验计划，对进入澳大利亚的食品进行检验和控制。根据IFIS，FSANZ为农资部提供与食品相关的公共健康卫生风险建议，农资部则负责对进口食品进行检验和抽样调查，以保证其符合《澳新食品标准》。澳大利亚对食品按其风险程度分三类进行检验，分为风险食品类、监督食品类、合规协议食品类。风险食品类指经FSANZ检验具有潜在微生物和化学危害的中高级风险的食品，监督食品类指对人体健康风险较低的食品，合规协议食品类是指进口商与农资部签订食品进口合规协议的食品。每种类型食品的检疫方式和检验频次不同。
进口商可以与农资部建立进口食品合规协议(FICA)，在该协议下，大多数进口商的进口食品安全管理体系信息已经建立，经FICA确认，只需根据IFIS做选择性的检查，而不必做常规抽查。
农资部会与国外出口到澳大利亚的当局政府建立政府间的许可认证，该许可认证进一步保证了进口食品符合澳大利亚食品标准。拥有国外政府认证书的出口商检查频率会降低，出入境过关程序也会减少。目前，泰国、法国、加拿大等国与澳大利亚建立了政府间的许可认证。
对于首次未通过检验的进口食品，进口商可以对食品进行如下处理：对食品加以处理使其符合标准；如果可以的话，把食品降级；把食品送出境外；销毁食品。
另外，在进口食品检查之前，根据农资部颁发的食品检验证书，进口商能够确认进口货物是否需要控制令，具有控制令的食品在通过检查或检验分析之前是不能通关的。
出口管理
澳大利亚农资部官方网站表明，澳大利亚大约三分之二的农产品供出口，通过农资部有效地管理出口食品，澳大利亚出口食品获得了良好的信誉。
《出口控制法案1982》将货品界定为指定和非指定货物。农资部监管指定货物，根据出口货物的类别，出口规定也有所不同。
澳大利亚指定出口的货物如下：乳制品、蛋和蛋制品、鱼和鱼制品、新鲜水果和蔬菜、谷类和种子、干草和稻草、活的动物、肉和肉制品、有机产品、植物和植物制品、药物（动物原材料）。澳大利亚规定，从澳大利亚出口的食品必须是适合人类食用的、具有准确的描述和标签、如果必要的话可以完全追溯的食品。对于这类货物的出口，农资部为出口商出具登记信件或者证书，出口商就可以出口产品了。企业在要求出口登记时，必须由农资部作出可用于评估的完整的核准协议，所有经过出口登记的企业必须具有核准协议。企业核准协议是一个关于“如何出口”的文件，包括企业成功出口的具体操作流程，涵盖所有企业出口的商品及目的地市场需求。
除了指定货物外的货物都属于非指定的货物，包括但不限于畜产品、木材、皮毛、非食用的血、加工肉制品、宠物食品、加工食品、化妆品、营养补充剂和精制脂肪和油。非指定货物不受政府监管，但是在一些情况下，出口商必须符合进口国的要求，包括认证要求。
非指定货物的出口指南：首先，确认产品是否需要政府认证；其次，确认进口国的需求；再次，获得政府出口认证；通过以上三步之后，出口商方可出口产品。
澳大利亚农资部为广大出口商提供了进口国需求指南（MICoR）和非指定货物认证表，供出口商参考。
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