1月28日，农业部印发《2016年农业转基因生物安全监管工作方案》，要求依法加强农业转基因生物安全监管，确保农业转基因生物技术研究、试验、生产、经营和加工等规范有序。
方案提出，要严格按照《农业转基因生物安全管理条例》等法规规章要求，按照“属地管理、部门协调、检打联动”的原则，以转基因玉米、水稻为重点，保持高压态势，严厉打击农业转基因生物非法试验、制种、销售、种植等行为，斩断农业转基因生物非法扩散链条，查处一批违法案件，惩处一批违法分子，有效遏制转基因生物违法扩散现象。
方案要求各省春耕前组织开展专项检查行动，及时回应社会关切。督促转基因研发单位和研发人员落实第一责任人责任，监管管理制度，强化对科教单位和种子企业育种活动的督查，严防育种材料非法扩散，探索建立违规研究单位与研究人员系统内通报制度。“充分利用试纸条等快速检测方法，对玉米等种植田进行抽样监测，严查转基因作物非法种植”。
据《华夏时报》1月30日报道，东北多地已下发打击转基因玉米种子的公告，总体要求是对转基因零容忍，坚决打击种种形式售卖转基因玉米种子的行为，严禁一切形式的转基因玉米品种流入市场，对情节特别严重的移送公安机关。吉林省2015年一共吊销了3个违法企业的种子生产经营许可证。此前有媒体报道称，东北地区存在转基因玉米种植现象。
澎湃新闻（www.thepaper.cn）此前报道，1月28日，中央农村工作领导小组办公室副主任韩俊在解读2016年中央一号文件时表示，从已经查处的极个别地区非法种植转基因水稻的情况来看，确实对转基因的监管还要进一步强化。
从2007年开始，中央一号文件十年间八提转基因，其中七次明确出现“转基因”三个字，还有一次运用了与“转基因”相近的概念。作为体现官方农业政策走向的重要文本，中央一号文件对转基因提法的变化，也折射了官方态度的转变。中国官方1997年、2006年先后批准转基因棉花、木瓜商业化种植，2009年，提出要推动转基因新品种产业化，却在此后避提转基因、强调加强科普，今年又表示要慎重推广，徘徊在民意和国际竞争压力间，而当初力推的产业化并无进展。
