通过探索建立进出口农产品“源头管理、口岸验放”工作机制，福建检验检疫局辖区出口食品农产品不合格率逐年下降，2015年出口农产品合格率达99.75%；进口疫情截获显著提升，共截获进境植物有害生物1024种、24944种次，同比增长20.19%和1.44倍，其中截获检疫性有害生物73种、1622种次，同比增长32.73%和1.04倍。
过去一年，福建检验检疫局积极呼应地方外向型经济对加快通关的迫切需要，创造性提出进出口农产品检验检疫监管“源头管理、口岸验放”创新机制，该机制将进出口农产品监管工作重心从产品查验转移到生产源头管控，通过精准分析农产品质量安全风险，严格落实生产企业质量安全主体责任，科学开展企业自控有效性验证监管，强化了农产品源头管控，确保了农产品质量安全。由于农产品质量安全有了保障，大幅降低口岸查验比例，检验检疫工作效能也明显提升。
在出口农产品监管方面，福建检验检疫局建立了层次清晰、全面完整的风险分析、分类管理和日常监管制度框架，2015年共完成59份进出口农产品风险分析报告，制定4类农产品企业分类管理办法，对辖区1100多家出口农产品企业实施了分类管理，指导分支机构建立了“一厂一案”或“一厂一品一案”的监管方案。在进口农产品监管方面，开展了台湾农产品风险分析，形成水果、种苗、水生动物、畜产品风险分析报告42份，基本覆盖台湾输大陆农产品种类，并启动平潭全岛外来有害生物监测。
据介绍，“源头管理、口岸验放”工作机制大幅度降低口岸查验比例，有效提升农产品通关便利化水平，使农产品口岸通关速度提高34.8%，平均每批法检费用下降53.8%，一类企业出口产品放行时间从原来5天减少为2天。平潭对台小额商品交易市场的进口台湾农产品通关时间大幅压缩50%以上，水果甚至实现“上午装运，下午上架销售”。通过落实“源头管理、口岸验放”工作机制，带动了该局动植检设施设备、实验室和人才队伍建设，增强了动植检工作整体实力，工作能力和水平显著提升。该工作机制精准确定了农产品质量安全潜在风险和级别，针对性地采取检验检疫监管措施，提高了把关的科学性和检验检疫资源利用效率，整体提升了福建检验检疫局动植检把关工作的能力和水平。
