2015年4月21日，福建自贸试验区正式挂牌对外运作。福建检验检疫局紧紧围绕将福建自贸试验区打造成为“改革创新试验田、两岸经济合作示范区、面向海丝沿线国家或地区合作新高地”的战略定位，在质检总局的指导和支持下，大胆闯、大胆试，突出机制创新、突出简政放权、突出对台“三互”、突出贸易便利、突出部门协同，积极探索和实践自贸试验区检验检疫创新政策和措施，努力打造检验检疫“改革高地”，福建省委省政府办公厅专门致函国家质检总局，对福建局支持福建科学发展跨越发展特别是服务自贸试验区工作给予高度评价和充分肯定。
突出简政放权，转变政府职能。福建局积极呼应党中央、国务院转变政府职能和简政放权要求，按照质检总局部署，仅保留涉及安全、卫生、健康、环保和反欺诈的行政审批事项，并立足自贸试验区建设，积极推动权力下放。一是质检总局下放动植物检疫审批权限，在福建自贸试验区内实行进境动植物检疫审批负面清单管理，负面清单外产品审批时限缩短50%以上；质检总局还特别下放平潭口岸进口的台湾水生动物检疫审批权给福建局。二是国家认监委下放台湾输大陆食品生产企业注册技术审核工作，提高企业注册效率，促进闽台贸易便利化。三是主动下放出境竹木草制品企业注册登记、出口食品原料种植养殖基地备案等行政审批权限到分支机构。
突出对台“三互”，促进闽台融合。贸易便利化是两岸经济深度合作的重要基础，而高度的贸易便利化则有赖于两岸检验检疫“三互”（信息互换、监管互认、执法互助）。福建局积极推进两岸“三互”，仅自贸试验区挂牌以来，就有3位局领导先后率团赴台，与台湾官方、行业组织、第三方合格评定机构、企业等多层次磋商推进。一是推动两岸检验检疫证书电子信息互传互换互查，质检总局批准在平潭建设两岸检验检疫数据交换中心，将全国涉台检验检疫证书、质量通报、口岸疫情等数据落地该中心，构建相关业务数据分析平台和两岸检验检疫证书、标准电子数据互传互换互查平台，现已完成与台湾关贸网的数据信息传输测试对接。习近平总书记来平潭视察时听到福建局汇报“平潭正在建设全国检验检疫系统唯一的对台检验检疫数据交换中心，未来可实现‘一张证书、两岸互认’”时，点头说“好”。二是探索在平潭试行对台监管互认，发布《关于在平潭试点开展台湾认证结果和检验检测结果采信工作的通告》。目前，已对进入平潭对台小额贸易市场销售的台湾小家电试点采信“台湾经济部标准检验局（BSMI）”商品验证登陆证书。
突出贸易便利，服务产业集聚。福建局坚持以需求和问题为导向开展创新研究，主动服务自贸试验区特色产业和重点项目。一是全力支持做大平潭对台小额贸易商品市场。对原产于台湾的预包装食品、化妆品实施“快审快核”的标签审核模式，允许使用繁体中文，主要审核“一个中国”原则、是否误导消费者内容和是否有大陆不允许的成分标示。基于风险分析，对进口台湾水果实施“边抽样检验、边上架销售”的检验检疫模式，允许免附官方植物检疫证书，经检疫合格和按2%比例抽样送检农残等项目后即可上架销售，实现了进口台湾水果“上午采摘，下午上架销售”。二是扶持福州保税港区整车进口口岸建设。在风险可控的基础上，实施“分线管理、验证整改、事后监管”的检验检疫监管模式，可对汽车进行5大类16个项目的辅助性合规整改，实现在境外集中改装、区内辅助整改，积极打造“流程最优、时间最短、费用最省”的通关口岸。三是扶持中国-东盟海产品交易所发展。建立专门的进口食品检测实验室，允许未交割的水产品由交易所或指定的代理人先行统一办理审批和报检手续，实施“统一申报、集中查验、分批核放”的检验检疫监管模式。
突出部门协同，提升通关效能。福建局积极支持推动口岸“三互”改革，最大限度地促进进出口贸易和物流的便利化。一是推进检验检疫区域通关一体化。在辖区自贸试验区内先行实施“通报、通检、通放”。积极推进泛珠检验检疫通关一体化。二是主动推动福建省建设国际贸易“单一窗口”，福建省成为继上海之后全国第二个将“单一窗口”纳入省委省政府决策部署的省份，目前系统已完成开发，即将投入使用。三是打造福州关检合作“三个一”模式，率先在全国实现“三个一”全覆盖；积极与厦门海关全面实施关检“一站式”查验。四是与海事、边防等部门建立“三互”合作机制，在打私、反恐、疫病疫情防控上加强合作。
