日本非常重视保护农业，为农业提供大量补贴。日本农业因此被称为“宠坏了的农业”。
在日本农林水产省的主页上，包括林野厅和水产厅在内，形形色色的补贴项目高达约470种，农田保护和灾害防治、土地改良、基础水利、森林病虫害防治等一应俱全，农林牧渔各方面都得到无微不至的补贴。补贴对象有涵盖整个农业的，也有几种是对特定对象的专门补贴。
日本农业补贴分为软件补贴和硬件补贴，硬件补贴的对象包括机械、设施等，达到约400种，主要包括“建设强大农业补助金”和“农业、食品产业竞争力强化援助项目”等，而软件补贴的对象则是协议会、推进会议、调查项目、实证项目等。
目前，日本务农者平均年龄超过65岁。为了鼓励年轻人务农，农林水产省2012年度创设了青年务农补贴制度，通过补贴鼓励青年人从事农业，从2013年度开始，补贴对象扩大到渔业和林业的新劳力。没有务农知识的青年，可以到都道府县承认资格的农业学校以及先进农户和先进农业法人等处进行培训，最长可以2年时间，每年提供150万日元（100日元约合5.13元人民币）的补贴，务农后则可连续5年每年提供150万日元。
除了国家提供的补贴外，地方政府也提供各种补贴，如岛根县从2012年度决定给45岁至64岁的新务农者提供每年75万日元的补贴，补充了国家要求45岁以下才提供补贴的制度，以促进建立务农环境。
作为对农业补贴的补充，保险制度也同样是有力的手法。在农业的巨灾保险方面，日本1947年制定了“农业灾害补偿制度”，是国家对于农业灾害实施的公共保险制度，国家支付一半的保险金。
农业灾害补偿制度以农民相互扶助为基础，由农业互助工会或者市町村运营，而国家补贴互助保险费、运营费，并进行再保险。
根据该制度，农民缴纳互助保险费，自然灾害发生后，根据受害程度支付互助金，也称为“农业互助事业”。农业灾害补偿制度的对象包括风灾、水灾、旱灾、寒潮、雪灾以及气象原因导致的火灾、病虫害和鸟兽害等，国库原则上负责保险费的50％。发生灾害后，当收获量比常年减少一定比例的时候，可以计算出减少的量，根据合同的补偿单价计算出支付的互助金总额。
根据灾害不同，支付的互助金金额也有很大不同，1993年的寒潮时支付了5487亿日元，2003年支付了1871亿日元的互助金，为农业的稳定作出了贡献。
