近年来太平洋蓝鳍金枪鱼越来越稀少，主要原因是日本市场的大量消费，另外墨西哥渔民大量圈养幼鱼也是一大原因。
据报道，太平洋蓝鳍金枪鱼因其肉质鲜美，是制作生鱼片的绝佳食材，全球约80%的产品被日本消耗，一尾上等的金枪鱼在东京筑地鱼市场的售价往往超过10万美元，因而导致渔民滥捕而日渐稀少，国际自然保护联盟（IUCN）更在11月将其列入最新的“濒危物种红色名录”中。在墨西哥西海岸，一些渔业公司经营了面积庞大的养殖场，他们把金枪鱼的幼鱼养大、养肥后卖给全球各地的高端餐馆，最远可抵达东京。首先，墨西哥渔民会用鱼网捕获活生生的幼鱼，然后将其运送到恩塞纳达附近的养殖场，整个移转过程很花钱。
IUCN红色名录的鱼类科学家科莱特（Bruce Collette）表示，这个数量庞大的幼鱼转移过程非常不经济，如果不是金枪鱼如此昂贵，他们绝不会做这么不经济的事。据报道，去年一条蓝鳍金枪鱼在日本东京筑地鱼市场以170万美元被拍卖出去。IUCN在报告中指出，蓝鳍金枪鱼的最大威胁是过度圈养幼鱼，这已导致它们无法繁衍下一代。此外，墨西哥也不是唯一圈养金枪鱼幼鱼的地方，澳大利亚南岸和亚得里亚海（Adriatic Sea，地中海部份水域）也都在圈养幼鱼。科莱特说，由于太多渔船的滥捕，全球各类金枪鱼的总数自1958年以来至今已骤降80%～90%。
