科学界至今无法对转基因安全问题做出绝对的定论，以及中国国内权威的缺失使得转基因食品成了众矢之的。随着转基因食品问题在中国继续发酵，已经有越来越多的消费者，特别是有选择的中产阶层开始抵制转基因食品。民众对转基因食品的抵制将使得中国政府在政策制定上感受到很大压力，从而影响了转基因食品的贸易政策。
另外，中国粮食安全战略也是影响其转基因政策的重要因素。虽然从2003年开始，中国实现了粮食产量十连增，但由于粮食需求的快速增长，国内粮食缺口越来越大，粮食自给率已经连续两年低于90%。因此，中国政府开始高度关注粮食安全问题。去年底召开的中央农村工作讨论的核心问题就是粮食安全，而刚刚发布的一号文件也将保障粮食安全作为2014年工作的重点，并提出实施“以我为主、立足国内、确保产能、适度进口、科技支撑”的国家粮食安全战略。
所谓的科技支撑的一个主要内容就是发展转基因育种技术。面对人多地少这个基本现状，为了确保粮食自给自足，中国政府一直把推广良种、提高单产作为突破口。然而，传统的育种方式已经明显遇到瓶颈。就拿杂交水稻为例，虽然杂交水稻能够明显地提高单产，但它需要更多的化肥和农药。而化肥和农药的过量使用，使得土地和水资源污染严重，直接威胁中国农业的可持续发展。因此，中国政府寄希望于转基因育种技术来解决中国人的吃饭问题。
虽然从长期看来，转基因食品在中国的推广是大势所趋，然而就目前来说，尤其是在中国的转基因技术尚未成熟之前，中国对转基因农产品的进口，特别是转基因种子的进口将进行严格的监管和控制。考虑到美国在转基因育种领域特别是在大豆和玉米的领域保持绝对领先地位，发展中国自己的转基因技术就必须要求对国内产业进行保护。
围绕转基因食物的争端很有可能长期存在并对中美关系产生很大的负面影响。农产品贸易已经成为中美经贸关系至关重要的一个领域。从2001中国加入WTO开始，中国农产品进口量大增。中国从美国进口大量的大豆和土豆，其中绝大多数都是转基因产品。中国已经成为美国农产品最大的出口地。农产品，特别是粮食出口是美国对华出口贸易值最大的产品。与总体中美贸易相反，美国在中美农产品贸易领域享受着巨大的顺差。因此中美如果无法就转基因问题达成一致，双方很可能爆发贸易战，为中美经贸合作蒙上阴影。
