无论是发展速度、年产值，还是企业数量，中国保健食品行业都达到历史顶峰。
不过，曾经在保健食品行业打拼多年、目前任江苏酒业公司销售总监的张军向《中国企业报》记者介绍，自保健食品行业产生起，就存在诸多发展问题。“由于保健食品行业进入门槛较低，保健食品生产企业中小企业占绝大多数，且多数规模较小，研发创新能力普遍不强。”
目前全国3000多家保健食品企业，投资总额在一亿元以上的大型企业只占2%，更多的是投资1000万元甚至10万元以下的企业，该类企业占全部厂家的50%。
“企业数量多，竞争激烈，保健食品市场的一些乱象，一直没有得到根本解决。”张军说，“较常见的是非法营销，如拉大牌扯虎皮，假冒大牌，罗列各种不存在的组织以及以开设健康讲座的名义向中老年人推荐保健食品。还有的无中生有编造、夸大保健功能，有的不标明厂址。甚至还有的企业铤而走险故意捏造批文等。”
“据我了解，因为这个市场较乱，保健品行业现在越来越难做，一些消费者甚至开始抵触、反感保健食品。”张军说，“近来有关保健食品行业的负面新闻不断被曝光，影响了这个行业的健康发展。”
尚普咨询行业分析师指出，违法添加行为是保健食品行业普遍存在问题，很多企业为了追求利益，夸大食品的保健功能，在里面违规添加化学品。
在分析保健品市场混乱的原因时，中国保健协会食物营养与安全专业委员会会长孙树侠认为，首先是法律法规不健全。对于保健品的品种管理、生产流程没有具体规定。其次是监管不力，在实际操作中经常出现食品药品监管部门与工商部门各自为政的情况，未来如何划清界限是一个需要解决的监管难题。
据介绍，“重审批、轻监管”成为一些政府部门管制工作中的一个普遍现象。
中国社会科学院食品药品产业发展与监管研究中心主任张永建建议在保健食品的行政许可改革中探索“审评审批+备案”的综合管理制度。备案制度不仅仅是涉及市场准入，而是对生产经营中与安全风险相关的关键环节和关键要素实施全过程备案，政府对备案中的这些关键环节和关键要素实施有效的监管。
9月30日，国家食品药品监管管理总局发布关于征求《保健食品说明书标签管理规定（征求意见稿）》意见的函，规定未获保健食品批准文号的食品不得在标签、说明书上声称保健功能。已获批准的保健食品应严格按批件载明的内容生产、标识其产品。不得生产、经营和进口贴牌保健食品。
