广州市质监局2013年第九批次生产领域食品质量监督抽查发现，南方航空控股子公司广州南联航空食品有限公司（简称"南联食品"）一款糕点被检出大肠菌群超标。记者致函南方航空采访是否曾采购相关不合格食品，目前未获回复。
根据广州市质监局的公告，被检不合格的糕点商标为椰丝巧克力方戟，规格型号为45克/个，标称生产日期为2013年7月16日，标称生产单位为广州南联航空食品有限公司，标称生产单位地址为广州市白云机场。这款产品的大肠菌群实测值为40，超过标准值（≤30）。
广州市质监局表示，大肠菌群是食品受污染的微生物指标。大肠菌群的来源与肠道致病菌相同，因此食品中大肠菌群含量越多，间接表示有肠道致病菌污染的可能性。
南方航空2013年半年报显示，南方航空持股广州南联航空食品有限公司55%的股权，相互之间近期存在贸易往来。根据南方航空的半年报，截至2013年6月30日，其他应收款期末余额中应收持有本公司5%（含5%）以上表决权股份的股东或其他关联方款项情况列表中，"南联食品"赫然在列，金额为200万元，占其他应收款总额的比例为0.1%.
根据广东省工商局的工商登记材料，广州南联航空食品有限公司的经营范围包括：生产航空配餐（包括生产糕点、月饼），为国内外航空公司提供航空食品和饮料、日用品、纪念品、糖、酒以及与航空配餐有关的劳务服务等。
记者致函南方航空询问是否采购了广州南联航空食品有限公司相关批次不合格产品，截至目前未获回复。
