7月5日，根据每日经济新闻网消息，针对媒体质疑“三种转基因大豆闪电获批”消息，农业部7月2日在其官方网站公布了包括这次批准的三种转基因大豆的“农业转基因生物安全评价资料”。 其中，MON87701×MON89788的农业转基因生物安全评价资料显示，孟山都远东公司曾于2010年10月向农业部提交了进口用作加工原料的安全证书申请，农业部对此进行了批复，批复文件编号为安基安办字2010-F148，批复文件称孟山都 “未提供农业部认定的检测机构出具的环境安全和食用安全检测报告”等在内的多份报告。 “评价资料”显示，孟山都公司于2012年填写了农业转基因生物安全证书申请表，文件首页提到，MON87701×MON89788农业转基因生物安全评价申报书的填报具体时间为2012年2月25日。7月3日，农业部科技发展中心基因安全管理处处长李宁做客人民网回应。李宁说，对进口转基因生物及产品的安全管理是按照《农业转基因生物安全管理条例》及配套规章进行管理的，“并非闪电批准”，也不是“秘密进行”。农业部非常重视信息公开工作，对于涉及转基因生物安全的信息公开，也是严格按照有关规定执行的。李宁表示，6月13日获批的三种进口用作加工原料的大豆品种，抗除草剂的大豆CV127、抗虫大豆MON87701和抗虫耐除草剂大豆MON87701×MON89788，其安全评价第一次申请是在2010年，评审历时三年，不存在“闪电获批”情形。
对此，有业内学者质疑，孟山都申请MON87701×MON89788安全证书的日期是2012年2月25日，无论如何也不可能经过了三年的评审，农业部说法可能存在矛盾之处。另外，一份农业部颁发的安全证书显示，2010年12月30日，农业部给抗除草剂大豆MON89788颁发了 “农业转基因生物安全证书”，有效期为2011年8月29日至2014年8月29日。抗除草剂大豆MON89788为MON87701×MON89788的合成部分之一，这是整个文件里唯一盖有公章的安全证书，而MON87701的审核证书和 MON87701×MON89788的证书并没有出示。此前，孟山都公司的新闻公告称，中国农业部批准时间是2013年6月，但在MON87701×MON89788批准前的两年，即2011年8月MON89788的安全证书就已经生效，这在时间上与农业部说法不一致。
上述学者质疑，如果农业部仅是复核MON89788的安全证书，没有考虑MON 87701×MON89788中的两种产品合一后可能产生的互动反应，与分别审核过的产品性能彼此不同。
