为规范保健食品生产经营行为，加强企业索证索票和台账管理，国家食品药品监管局组织制定了《保健食品生产经营企业索证索票和台账管理规定》（以下称《规定》），《规定》自2013年3月1日起正式实施。
《规定》要求，保健食品生产经营企业应当建立索证索票和进货查验记录制度，设立相关部门或指定专人负责索取并查验供货者资质及相关产品质量安全的有效证明文件，留存相关票证文件建档备查，同时加强台账管理，如实记录购销信息。有关文件应当保存至产品保质期结束后1年，且保存期限不得少于2年。要求生产经营企业应逐步实现信息化管理，建立电子档案。
《规定》明确了生产经营企业索证索票应当包括的内容。针对实行统一购进、统一配送、统一管理的连锁经营企业，《规定》明确，可由总部统一索取查验相关证、票并存档，建立电子化档案，供各连锁经营企业从经营终端进行查询索证情况。各连锁经营企业自行采购的保健食品，应当按照要求自行索证索票。
《规定》要求保健食品生产经营企业如实记录购货、销售台账，并如实记录质量不合格的原料、辅料、包装材料或保健食品的召回、退货、销毁等处理情况。
