到2003年10月，中央召开十六届三中全会，会议提出坚持以人为本，树立全面、协调、可持续发展的科学发展观，促进人的全面发展。会议还明确提出了五个统筹发展，即统筹城乡发展、统筹区域发展、统筹经济与社会协调发展、统筹人与自然和谐发展、统筹国内发展和对外开放。其中，把城乡统筹放在第一位，并提出要逐步建立改变城乡二元经济结构的体制。陈锡文说，回顾过去这九年，在科学发展观的指引下，我国在城乡统筹发展方面确实有很多了不起的进步。
2004年，中央召开十六届四中全会，胡锦涛总书记提出了 “两个趋向”的重要论断，即在工业化初始阶段，农业支持工业、为工业提供积累是带有普遍性的趋向；但在工业化达到相当程度以后，工业反哺农业、城市支持农村，实现工业与农业、城市与农村协调发展，也是带有普遍性的趋向。“两个趋向”的重要论断，为我国在新形势下形成工业反哺农业、城市支持农村的机制定下了基调。
2004年，中央召开经济工作会议，胡锦涛总书记非常鲜明地提出，我国总体上已到了以工促农、以城带乡的发展阶段。这一判断对更加自觉地调整国民收入，更加有力地解决好农业农村农民问题，具有十分重大的意义。
到了2005年十六届五中全会，中央提出建设社会主义新农村，并指出这不仅是长远目标，也是当前工作。同时提出农村必须推进的五项工作：经济建设、政治建设、文化建设、社会建设、农村基层党组织建设。社会主义新农村建设将伴随我国社会主义现代化建设的全过程，这个判断非常符合实际。
在2006年十六届六中全会上，中央明确提出，逐步实现基本公共服务均等化，不均等化的最大差距就是城乡差别，要缩小基本公共服务的城乡差距，这是一项非常艰巨的任务。
到了2007年党的十七大，有一个大的迈进，会上提出两句话：第一句是坚持走中国特色农业现代化道路，第二句是逐步形成城乡经济发展一体化的新格局。可见，党对三农问题的认识明显深化。
2008年召开十七届三中全会，全会主题锁定在三农问题，出台了关于推进农村改革发展若干重大问题的决定。当时有三句话非常震撼人，中央的判断是农业基础仍然薄弱、农村发展仍然滞后、农民增收仍然困难，提出全党要居安思危，认真解决三农问题。全会明确规划了从2008年到2020年农村改革发展的蓝图，特别提出六大制度创新任务：第一要稳定和完善以家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制这一农村基本经营制度；第二要健全农村严格规范的土地管理制度；第三要完善国家对农业的支持保护体系；第四建立适应现代农业发展的农村金融体系；第五要加快形成城乡经济社会发展一体化体制；第六要加强农村的基层民主制度建设。
2010年十七届五中全会，提出一个非常响亮的农业口号，即要在工业化、城镇化深入发展中同步推进农业现代化，称作“三化同步”。
陈锡文通过对以上几次重要会议、重要讲话和重要文件的梳理，总结出一个清晰的脉络，就是这些年党中央国务院在农业上花这么大的力度，除了国家财力的增长，非常重要的就是思想认识的深化，体现出与时俱进的创新精神。由于认识思想和理论在推进，才引导出一连串重大的制度变革。
