保健食品从建章立制、行政许可、审评审批到市场监测、行政处罚、权威发布等所有环节，权力都集中在国家食药监局保健食品与化妆品监管司。
有关人士称，国家食药监局集审批、标准、检测等权力于一身，固然避免了“多方扯皮”的局面，但却不易做到权责对等。比如前述检测流程，如果出现问题，可以把监管责任认定给地方；或在抽检结果中用“假冒”的结论，既可以规避监管责任，又可以护住涉事企业。
一旦出了事，“第一责任人是企业，第二责任人是地方监管部门，第三责任人才是国家食药监局。”国家食品药品监督管理局保健食品化妆品监管司司长童敏在接受记者采访时曾表示。
由于保健食品检测标准的专业性，行业外人士事实上很难洞悉内部各种是非瓜葛，并容易受到部分从业者刻意引导。记者注意到，一些媒体在“螺旋藻铅超标事件”的跟进报道中，即把关注点放在“铅含量标准到底执行0.5还是2.0”的所谓“学术探讨”上，而对检查流程、监管缺失等问题只字不提。
记者在采访中观察到，在看似严谨的保健食品审批制度背后，存在着以代理机构为中介的灰色甚至非法利益链条的现象，它们“编材料”、“卖批文”、“贿评委”，使审批之门洞开。
