不宜过多饮用
许多人认为酸奶营养价值较高且含有益健康的嗜酸乳杆菌，便认为多饮有益无害。实际上，过多饮用酸奶会造成某些营养物质暂时过剩而可能引发代谢障碍，特别是嗜酸乳杆菌群摄入过多会导致肠道中原有的微生物菌群生态平衡失调，从而引发某些肠道疾病。
不宜煮沸饮用
酸奶中的嗜酸乳杆菌是活的细菌营养体，若煮沸，活菌变为死菌，使菌体失去其特有的保健功效。当然，也不要用开水冲服，以免嗜酸乳杆菌群被杀灭或使其活力下降。
不宜空腹饮用
嗜酸乳杆菌的存活与胃肠道中的酸碱度(PH值)密切相关。据医学研究部门的细菌学培养试验结果表明，嗜酸乳杆菌在PH值5.4以上的环境中生长繁殖良好，而在PH值2以下则难以存活。如空腹时喝酸奶，此时胃液的PH值一般在2左右，嗜酸乳杆菌将被杀灭或使活力严重下降，从而达不到酸奶应有的保健功效。因此，喝酸奶的最适宜时间应在饭后2小时以内，此时胃液的PH值一般已升至5左右，较适宜于嗜酸乳杆菌的存活与生长，从而有利于发挥其独特的保健功效。
不宜与药物同服
饮用酸奶前后最好不要服用药物，特别是红霉素、氯霉素、磺胺类药及其它抗菌素药物，以免酸奶中的嗜酸乳杆菌被杀灭或使活力下降。同样，饮酸奶前后最好不要喝浓茶。
