2008年9月爆发的三聚氰胺行业危机，则在市场层面直接打击了太子奶的销售状况。到2008年10月，太子奶开始出现停产、裁员、断货、经销商集体逼债、员工讨薪等状况，甚至尚在建设中的昆山太子奶生产基地也成了烂尾工程。
2008年10月23日，在三大投行的压力下，李途纯被迫签订了“不可撤销协议”，双方约定，在一个月的时间内，要么李途纯找到战略投资人接手三大投行的股权，投资人套现离场；要么执行对赌协议，李途纯交出股权彻底出局。
李途纯显然不愿意就此撒手，于是开始四处寻找战略投资者。据说当时李途纯与联想投资、深圳航空等六家意向企业有过接触，但最终无一家愿意接盘。
11月21日，在株洲市政府的主持下，在历时一整天的谈判后，太子奶的股东、管理层、相关债权人共同达成协议：李途纯所持有的近70%股权（估值4.5亿元）全部让渡给三大投行，三大投行承接股权的同时也承接了太子奶的所有对外债务。另外三大投行承诺再向太子奶注入3000万美元资金，以恢复太子奶的生产。
政府托管，李途纯重谋控制权
原本，在政府的协调之下，太子奶的问题得到妥善解决，但是，直到2008年12月底，三大投行承诺追加的3000万美元未能到位，身处金融危机之中的三大投行最终决定不再续投太子奶。
事情就此陷入僵局之中，资金链断裂的太子奶面临无米下锅的状况。株洲市政府、李途纯、三大投行不得不再次坐下来商谈解决的方案。市政府的意见是，不能看着太子奶就此倒下（政府考虑的是税收、就业等问题）；而李途纯非常希望能救太子奶，但是自己已经弹尽粮绝；三大投行则权当自己先前的7300万美元打了水漂，而不敢再续加投资陷得更深。
三方协商出来的方案是（如图2）：第一，太子奶的股权结构恢复到对赌前的状态，李途纯依然是大股东；第二，由株洲市政府组建国有投资公司高科奶业，以租赁经营的方式全面托管太子奶，为期一年；第三，政府投入1亿元左右流动资金作为垫款，使得太子奶的生产能够恢复；第四，李途纯及三大投行的股权，在托管期间完全质押给政府的投资公司；第五，政府托管期间所产生的利润，全部用于偿还太子奶的对外债务。
2009年1月20日，株洲市政府背景的高科奶业成立，由株洲经济开发区管委会副主任文迪波出任高科奶业董事长，并正式接管太子奶，李途纯交出经营大权，专事处理太子奶的对外债务。
站在李途纯的角度，形成这个方案对他来说无疑是个利好。不但可以使太子奶重新运转起来，而且自己的股权还重新拿了回来，虽然经营大权不再掌握在自己手上，但李途纯相信这只是短暂的。
随着太子奶重新恢复运转，李途纯开始考虑说服政府将经营权归还给他。2009年6月份，李途纯向市政府提交了一份报告，陈述“目前稳定的太子奶，仍有数十家投资者进入谈判阶段”，希望政府同意太子奶进行自救。
株洲政府方面也考虑给李途纯一次回归的机会，于是高科奶业、李途纯、三大投行又达成一份协议：从6月至9月的三个月时间内，李途纯负责引入3亿元战略资金，如果引资成功，高科奶业则结束对太子奶的独家托管，李途纯全面回归太子奶，而三大投行也将在战略投资者的接盘中逐步退出。
但是3个月时间过去，李途纯未能如期引进战略投资，太子奶的经营权依然在高科奶业的文迪波手上。
2009年10月初，李途纯获悉2009年1～9月高科奶业完成的销售额约为5亿元，还不及危机之中的2008年12.3亿元销售额的一半，他觉得高科奶业托管期间的销售状况“太差”，“要谈重回接管”。
“自然重组”与“破产重组”之争
2009年10月10日，株洲市委、市政府召开常务会议，专题听取了李途纯的“自然重组”报告与文迪波的“破产重组”报告，市政府最终倾向于李途纯的自然重组方案。
据说在私下里，文迪波并不认同政府力主自主重组的思路，依然力主对太子奶进行破产重组。文迪波主张破产重组的理由是，根据2009年6月高科奶业出具的财务报告，太子奶总资产只有25亿元，负债则高达26亿元，太子奶已经“资不抵债”。
但是李途纯并不同意文迪波所说的太子奶“资不抵债”的说法，他表示太子奶的土地、厂房等固定资产至少值30亿，品牌无形资产也至少值20亿，而负债最多不超过21亿，完全不是资不抵债。
在株洲市政府自主重组的会议精神下，由李途纯与文迪波分头为太子奶引入战略投资者。李途纯引进了方正集团，文迪波则洽谈了新希望（000876）集团、澳优乳业、软银中国等几家。经综合评估，方正集团成为株洲方面首选（据称方正集团另行在株洲投资200亿元），备选依次为澳优乳业、新希望集团、软银中国。
政府首选了李途纯引进的方正集团，使得李途纯强化了对太子奶的掌控力。但就在准备与方正集团签署协议的前夕，方正集团表示太子奶必须先行破产清算，才有可能进行收购；因为方正集团不可能接下一本糊涂账，面对国内外银行、供应商、经销商等复杂的债权人。
对于方正集团提出的条件，李途纯拒绝签字，因为太子奶的破产清算是他绝对不愿意看到的。李途纯深深陷入了无助的境地：“我现在算是知道了，无论是我本人还是政府引进的战略投资者，均会要求太子奶破产清算。”
既然李途纯自己否决了自己引进的战略投资者，那就只剩下由文迪波洽谈的新希望、澳优乳业、软银中国等几家战略投资者入围了。
为了不让文迪波主导太子奶走向破产清算的道路，2009年11月26日，李途纯向株洲市政府提交了《给王市长的报告》。紧接着的12月2日，李途纯又以太子奶的名义在湖南《潇湘晨报》上发布了一则公告：
“鉴于株洲高科奶业经营有限公司不能履行与中国太子食品有限公司、李途纯、李帅等（合称太子奶集团）签订的《资产租赁合同》、协议及相关的会议纪要、会议备忘录等规定义务，五大核心条款全部违约……太子奶集团已完全恢复行使一切权利，请所有投资者直接与太子奶集团洽谈，特此公告。”
这纸公告，意味李途纯不再承认文迪波及高科奶业拥有对太子奶的托管权。李途纯最核心的理由是，高科奶业托管期间（1年）太子奶的销售额必须达到12～14亿元，才有权处置李途纯质押在高科奶业的股权，但是直到11月份太子奶销售额还不到6亿元，因而高科奶业及文迪波无权引进战略投资者及处置太子奶的股权。
2009年12月14日，株洲市政府再次就太子奶事项召开专题会议。当时的状况是，高科奶业账上仅剩200万元现金，原材料价值还不到100万元，而成品库存几乎为零，甚至还欠着一大笔的水电费。太子奶再次陷入几乎停摆的状态，这就是文迪波主持托管期间的业绩。
在专题会议上，李途纯立下军令状，“保证12月22日前带回3000万元的原材料，恢复生产”，但是条件是李途纯重回太子奶。最终株洲市副市长肖文伟拍板，“给李途纯45天”。
但是，在验收原材料之时，文迪波与李途纯发生了分歧，文迪波以李途纯只筹集到了1200万元原材料为由拒绝交还经营权。而李途纯公布的由株洲市公证处出具的四份公证书显示，太子奶管理团队按约准备了价值近4200万元的原材料，包括白砂糖、脱脂奶粉、聚乙烯等主要原材料。
李途纯试图通过向政府部门报告和指出高科奶业违约的方式，逼迫高科奶业交出经营管理权，改变文迪波将太子奶破产的思路。但李途纯并未成功，太子奶的经营权始终捏在高科奶业文迪波手中。
外资银行倒逼实施破产
就在李途纯与文迪波对太子奶的控制权争夺处于胶着状态之时，太子奶的最大债权人花旗银行也采取了系列行动。
早在2008年10月太子奶发生资金链危机之时，花旗便在北京高院提起诉讼，要求太子奶提前还贷。太子奶意识到花旗的行为可能导致其他银行跟进催贷，并引发银行债权人的挤兑潮，太子奶随即以花旗恶意收贷为由，向北京高院提起反诉讼，双方陷入了漫长的诉讼调解期。2009年，荷兰银行也因太子奶的贷款逾期，曾在上海高院向太子奶提起诉讼。
花旗银行鉴于在中国境内的诉讼不能取得有效进展，便转而在境外发起诉讼。2010年2月22日，花旗银行方面向开曼群岛大法院提交了清算申请，要求对太子奶的境外母公司太子奶控股（开曼）清算，开曼法院于4月14日开庭并裁定，由香港保华顾问作为太子奶的清算管理人。
