近年来，中央部署出台了一系列强农惠农政策措施，不断加大对农业的投入。管好用好建设投资，充分发挥投资保障建设、促进发展的基础作用，一直是农业项目建设常抓不懈的重要任务。农业部发展计划司围绕项目监管工作，着力从制度、教育、监督和创新等方面入手，初步构建了项目管理长效机制，为保障项目建设质量和效益，促进现代农业发展和农民持续增收提供了支撑和保障。
农业部陆续制定出台了15项农业建设项目管理基础性规章制度，初步建立起了一个较为完善的、覆盖各个管理环节的制度框架体系。同时针对项目管理范围拓宽、链条延长、方式转变等新情况，2008年发展计划司又启动了新一轮的项目管理规章制度的制修订工作，对项目管理行为进一步予以规范。目前，覆盖项目申报、评审、批复、实施到竣工验收全过程，全面管理与关键环节管理相结合，宏观管理规定与具体操作规范相衔接的完整的农业项目管理制度体系已经初步形成，基本实现了项目管理工作有章可循、有据可查，项目监管工作的质量和水平明显提升。
发展计划司通过加强项目管理知识培训，组织案例剖析活动，编辑发行专门培训教材等管理培训与业务实践，使农业系统建设项目管理人员的管理能力和素质得到明显提升，项目管理工作的规范程度大幅提高。
发展计划司切实加大项目专项检查力度，采取地方自查和农业部抽查相结合的做法，共安排建设单位自查项目4000多个，省级部门组织抽查项目近1000个，农业部组织抽查项目400多个，还配合国家发改委对30多个重大项目进行了抽查。认真组织对举报问题的核查，从2006年起，农业部设立了项目管理举报电话，建立了完善便捷的举报网络平台，畅通了群众参与项目监管的渠道，对举报的问题做到“件件核查、严肃处理、及时反馈”。同时狠抓项目整改、复查工作。目前，农业部已初步形成了管好用好农业建设投资的运行机制。
发展计划司还在项目管理工作实践中，不断创新管理理念与手段，探索建立新型监管机制，努力提高项目管理效率。一是树立全程监管的理念，提出项目监管要由事后监管向事前、事中监管转变，重在做好加强服务、提前介入、强化指导、突出重点等方面的工作。二是探索采用新的项目监管手段。如在农业部农机鉴定总站办公楼项目建设监管中首次启用远程实时监控系统，加强了项目实施过程的监控。三是开发使用项目管理信息系统，实现了项目管理从申报、评审、审批到计划下达的网上作业，大大提升了项目管理的质量和效率。四是建立项目管理网上答疑平台，发挥了远程指导的作用。
