一是人工生态环境养殖法。即人工创造一个符合无公害水产品生产环境条件的水域，依据水生生态学原理选择合适的养殖品种进行无公害养殖。例如，种草养殖虾、蟹，现已成为发展无公害虾、蟹养殖，建设大面积生态养殖基地的主要模式之一；在渔池堤埂上种植葡萄或藤蔓类植物用以搭建遮阳棚养蛙，已成为蛙类生态养殖普遍采用的类型；水产品与农作物共生互利养殖法，即稻田养鱼虾等；鱼、畜、禽、草（菜）有机结合养殖法，即把畜、禽、水产养殖与饲草种植结合在一起，用无公害商品饲料养畜、禽、鱼，池埂边坡种饲草饲养鱼类和畜禽，畜禽粪肥经沼气池发酵后作饲草和培育水质的肥料。冬季清塘的鱼池肥泥又可用作种草（菜）的基肥，从而形成物质流的良性循环，这是我国最经典的人工生态系统养殖法，也是无公害水产养殖很有发展潜力的一种形式。
二是多品种立体养殖法。鱼类生活在不同的水层，形成了相对稳定的生态平衡，对生态环境保护和改善起重要的调节作用。将这一原理应用于水产养殖，就形成子多品种立体混养法。如以草、鲂为主养鱼，同池混放一定数量的鲢、鳙、鲫、鲴等就是一种代表模式。该模式多品种组合作常合理：用草料（或部分商品料）喂养草、鳊鱼，它们排出的粪便可以肥水，培养浮游生物，鲢、鳙滤食浮游生物降低了水质肥度，而鲤、鲫、鲴又以草鱼吃剩的残饵、碎屑和底栖生物为食，起到打扫环境卫生的作用。经过鲢、鳙、鲤、鲴的共同作用，既净化了水域环境，又促进了主养品种草、鳊等的生长。若在该系统中适当搭配鳜、鲶、鳢、鲈等肉食性鱼类，利用它们吃掉水中的野杂鱼和体质较差及生病的鱼，不仅可防止主养品种的发病及蔓延，还能降本增收。
三是开放式流水或微流水养殖法。这种方法圭要是利用河流及湖泊水库水体的自然落差进行流水养殖。由于水质好、环境优，配套使用无公害饲料，主养名优鱼类，只要饲养密度适当，一般很少生病，故不需用药或很少用药，产品能达到无公害水产品的标准。
四是自然生态系统养殖法。利用无污染的天然水域（如湖泊、水库、江河等）及其天然饵料，按照特定的养殖模式进行增殖、养殖，基本上不投饲料，也不施肥、洒药，目标是生产绿色食品和有机食品，这是今后获取高品位水产品的一个重要手段。
五是使用微生物制剂养殖法。近10年来，微生物活菌制剂逐渐在水产养殖中得到应用推广。目前，使用较多的产品有光合细菌制剂、芽孢杆菌、乳酸杆菌制剂、益生素、西菲利、EM制剂等。它们能分解水体中的残饵、鱼粪等有机质，降低水中的氮含量，使养殖水体变清洁，从而改善环境。同时，还可改善养殖对象的胃肠道内环境，增强食欲，促进生长，提高饲料报酬，强化养殖对象的免疫功能，提高免疫力，增强抗病能力。
此外，还有全封闭循环水工厂化养殖法、休药期养殖法等。
