农牧业现代化建设要依靠工程项目带动，实行重点突破。《规划纲要》提出我区要实施“十大重点工程”。其中，农业产业化培育工程。按照“扶优、扶大、扶强”的原则，大力培育有市场引领、品牌支撑、产加销相衔接的农副产品精深加工和贮运保鲜营销龙头企业。到2015年，全区形成销售收入超10亿元的龙头企业20家以上，其中上市公司5家以上，超亿元的龙头企业150家。
到2020年，全区形成销售收入超100亿元的龙头企业10家以上，超10亿元的龙头企业50家以上。农产品[16.72 0.48%]市场开拓工程。以区内、区外、周边国家三大市场板块为战略重点，力争用3年至5年时间，到2020年，确保新疆农产品进入华北、华东、华南、东北市场以及中亚、西亚、东南亚、欧美等国际市场，基本确立新疆农产品在国内外的长期战略优势，带动提升区内基地建设、加工转化和科技支撑能力。
农村水利化促进工程。每年完成农业高效节水面积300万亩以上，至2020年全区农业高效节水面积累计达到4300万亩以上。
近期规划新建山区控制性水利工程29座，中远期规划新建山区控制性水利工程30座，争取经过5年至10年的努力，在自治区每条重要河流上建设起山区控制性水利工程及标准化堤防工程。
农业机械化提升工程。未来5年至10年，重点在40个县市建立120万亩保护性耕作示范区；在60个县市建立1500万亩机械化残膜回收示范区；在25个县市建立50万亩棉花全程机械化示范区。农业信息化建设工程。5年内实现“网络到乡镇、信息到村组”。
农业良种化基础建设工程。“十二五”在全区建设4万亩特色林果良种繁育基地，5万亩特色林果高标准采穗圃，90座种苗低温冷藏库，基本完成品种改良目标。水产品良种化重点建设25个特色经济鱼类良种场。森林、草原生态保护与建设系列工程。
现代农业示范园区建设工程。自治区主要在昌吉州、伊犁州直和喀什地区建设农业科技示范园区，在和田、阿克苏地区建设有机特色林果标准化生产和特色林果精品示范园区，在吐鲁番等地区建设设施农业示范园区等等。
