日常的蔬菜瓜果清洗方法，对去除食品中的农药残留只起到微乎其微的效果。
浸泡水洗法。绝大部分农药难溶于水，此种方法仅能除极少量的农药污染。其次，水洗会造成水污染，形成农药残留的二次污染。
碱水浸泡法。此种方法也仅能除极少量的农药残留，同样会造成二次污染。针对部分可溶性农药反而有害。可溶性农药遇碱可能发生化学反应，使农药毒性增强，例如，敌百虫在碱性溶液中可变成毒性更强的敌敌畏。
去皮法。这种方法的局限是只能对部分瓜果表面的农药残留进行去除，对更多的蔬菜却没有办法。同样去掉的皮流入环境后也会造成进一步的环境污染。
储存法: 在实践中，虽然农药本身具有缓慢分解的作用，但由于很多农药的自然降解时间长达几十年甚至上百年，所以此种方法不可用。
使用洗洁精、洗洁净: 对待这个问题要从多层面考虑。清洗剂都含有表面活性剂，去油能力较强，是化学药剂类，若长期摄入这类物质，则会对人体可能产生蓄积性毒害。
臭氧去除农药残留: 从科学原理方面看此种方法目前仍然有待论证，臭氧在家庭应用中的主要功能表现在杀菌、消毒方面。臭氧具有光谱杀菌性能，是一种无毒气体。臭氧的副作用主要因为它的强氧化能力，在浓度高于1.5mg/l以上时，人员须离开现场，否则会造成呼吸系统的应激性反应，严重的会造成可逆性伤害，铝、铅等金属与臭氧接触会产生氧化腐蚀现象。国外的相关测试显示，臭氧浓度要达到5-30mg/l才会对果蔬残留农药起到一定的作用。然而只要超过浓度1-2mg/l臭氧水的浸泡就会使果蔬漂泊并且严重破坏营养。
生物降解酶法: 去除蔬果残留农药时，在清水中加入生物降解酶，浸泡蔬果即可。浸泡后要用清水冲洗。生物降解酶是一种水解酶，从可食用的酵母菌中提取而来，极易溶于水，它能特异性地水解有机磷农药分子上的磷酸酯键，将有机磷农药分解，分解后的有机磷农药已经不是磷酸酯类化合物，从而完全消除了农药的毒性。因为酶本身就是蛋白质，被广泛应用于食品添加剂和酿酒等，不会像化学合成洗涤剂那样如使用不当还会造成对人体有害的二次污染。生物降解酶法不但高效而且很安全，无毒无副作用，对果蔬的口味和营养价值也没有丝毫的影响，可以直接适用于各种水果、蔬菜、茶叶、谷物、豆类、蛋奶和肉类。过去此法仅在国家重大会议和活动上使用。
