80年代中期至90年代中期是疯牛病暴发流行期，主要的发病国家如英国及其他欧洲国家有大量的牛患病并被宰杀，发生疯牛病国家的牛肉及牛肉制品的出口受到了严格的限制。
欧洲的食品安全治理由此出现公共信任危机，英国消费者协会曾经做过的一项民意调查发现，3/4的民众在食品安全问题上不信任政府。
面对欧洲议会对疯牛病危机处理不当而遭受的谴责，当时欧洲联盟委员会承诺调整内部组织结构，建立新的共同体食品调控机制，并且首次提出创建独立的欧洲食品机构。
2000年，欧盟发布食品安全白皮书，提出了成立欧洲食品安全局（EFSA）的建议，以协调欧盟各国，建立欧洲层级的新的食品法规，为委员会和成员国政府提供科学建议。
在欧盟执委会、欧洲议会和理事会的努力推动之下，EFSA于2002年正式成立，总部设在意大利的帕玛市，主要目的是提供独立整合的科学意见，让欧盟决策单位面对食物链直接与间接相关问题及潜在风险能做出适当的决定，以提供欧洲公民安全高品质的食物；EFSA的成立，也对当时逐渐消失的消费者信心，提供了实质性的保证。
2006年1月，欧盟又颁布实施了新的《欧盟食品及饲料安全管理法规》。欧盟食品新法规的主要原则是：食品和动物饲料生产者对于食品的卫生安全负有不可推卸、重要的责任，是食品安全的第一道防线。生产者必须保证其生产的产品是安全卫生的，唯有安全的食品和饲料才能被允许进入市场销售，不安全的食品和饲料必须退出市场。
新的法规还建立了可追溯性的规则，强化了召回制和市场准入资格：所有食品、动物饲料和成分的安全性，都可以通过从农场到餐桌整个过程的有效控制加以保证。
在德国，食品追溯制度应用的一个典型便是为鸡蛋编码。为确保质量，每个鸡蛋上都印有一串编码，这些编码就像是鸡蛋的“身份证”，根据它能查出鸡蛋来自哪国、哪地和哪个饲养场。如果鸡蛋质量出现问题，有关部门可以一直追查到饲养场或鸡笼。
由于欧盟是世界最大的出口联盟、世界第二大食品和饮料的进口组织和主要全球农产品贸易单位，EFSA与各成员国之间建立24小时快速预警系统机制，互通食品安全的信息，发现和应对食品及动物饲料的安全问题。
2007年，欧盟各成员国共接到有关食品和动物饲料安全7354例，与2006年相比，上升了13.5%，欧盟各国政府及公众对食品安全的警觉度都有了很大提高。
2009年，EFSA理事会通过了一个国际合作计划，预计在未来5年内，凭着EFSA既有的学术优势和经验与其他国家的食品卫生安全中心（如美国的FDA）和联合政府单位（如OIE，IPPC，EPPO等）合作，进而影响未来国际间关于食品安全评估的决策。
