转基因作物的历史很短。1992年，中国种植了世界上第一批商用转基因作物－－转基因烟草。1994年，美国市场上才首次出现了转基因食品，一种软化缓慢的西红柿。由于转基因作物的巨大优势，推广非常快。到2000年，全世界已有4420万公顷的土地种植转基因作物，其中美国占68％，阿根廷占23％，加拿大占7％，中国占1％，其他国家占1％。大豆、玉米、棉花和油菜是主要的转基因作物，在美国，有近一半的大豆、棉花，超过三分之一的玉米、油菜是转基因作物。美国超级市场上的食物制品中，约60％含有转基因的成分。在公众的反对声中，目前这个发展势头已缓慢下来，特别是在工业化国家，转基因作物的种植面积有减少的趋向。美国虽然还没有限制转基因作物，但是由于美国是农产品出口大国，欧洲、日本对转基因作物进口的限制，也打击了美国农民的积极性。
生物学界对转基因作物的危害性本无争议。始作俑者是苏格兰的一位免疫学家普兹太（ArmandPutztai），他在1998年在英国电视上接受采访时声称，根据他的研究结果，转基因土豆对老鼠有毒，能破坏老鼠的免疫系统，欧洲舆论因之大哗，是欧盟限制转基因食物的导火线。他的这项研究终于正式发表的时候（1999年发表在医学刊物《柳叶刀》上），对转基因作物的争议已越过大西洋到达了美国。1999年3月，三千多名示威者在“生物2000年”大会在波士顿召开之际，举行了反基因食物大示威，引起了全美国的关注。1999年5月，美国康奈尔大学洛希（JohnLosey）实验室向英国《自然》杂志报告说，他们用沾有抗虫害转基因玉米花粉的草叶喂养大花蝶的幼虫，导致这些毛毛虫死亡。这两项研究成了反对转基因作物的活动者反复提及的“经典”研究，涉及了两个主要问题：转基因作物是否有害人体健康？是否会破坏生态环境？
在普兹太的研究中，他向老鼠喂食制造凝聚素蛋白的转基因土豆（凝聚素能抗虫害），发现老鼠的肠道受到损害，得出结论这是转基因食物所导致的。这项研究遭到了众多的批评，包括缺乏合适的空白对照，以及用于喂养老鼠的膳食营养结构不平衡，后者也可能导致观察到的病变。其他的研究结果得出了不同的结论。至少有三项研究表明，转基因土豆和转基因大豆对动物的健康和生理活动都无影响。转基因作物往往是过量地制造某种外源的蛋白质，即使无毒的话，是否能导致过敏？这是更值得关注的问题。如果一种蛋白质不会导致过敏，那么制造它的转基因作物也不会导致过敏。例如还未发现有人会对植物铁蛋白过敏，那么提高铁含量的转基因大米也不会因此使人过敏。那些会使某些人过敏的蛋白质如果被导入作物中，则有导致过敏的可能性。研究人员在研究转基因作物时，已充分考虑到这个问题。过敏症的患者90％以上是对牛奶、干果、蛋类、海产品、小麦、豆类过敏，因此来自它们的基因将不被采用，例如，为了增加大豆中的甲硫氨酸的含量，一种巴西干果的蛋白质基因曾被转入大豆，实验发现这种大豆可能引起过敏，因此未推向市场。对转基因作物制造的新蛋白质，其化学成分和结构与已知的500多种过敏原做比较，如果具有一定的相似性，也会被放弃。大部分的过敏原都难以消化，因此转基因产生的新的蛋白质要检测是否能够被消化，如果不能，该转基因食物也不能供食用。有一种转基因玉米被怀疑有可能引起过敏，被美国管理部门规定只能用于喂养牲口，去年发现它也被快餐店用于制作玉米片、炸玉米卷，引起全国性回收，商家损失惨重，曾经轰动一时。在经过了严格的检测和管理之后，含有过敏原的转基因食物能够上市的可能性很小。
我们再来看看对生态环境的可能影响。抗虫害转基因作物分泌的毒性蛋白，除了毒死特定的害虫，有没有可能也毒死其他生物？洛希等人对大花蝶的研究，想要说明的就是这个问题。这个研究结果也备受非议，被指责无法重复，实验用的大花蝶幼虫被强制只喂食沾转基因玉米花粉的草叶而没有其他选择，以及实验用的转基因玉米花粉含量过高。根据美国环境保护局的估计，草叶表面上转基因玉米花粉的数量达到每平方厘米150粒时，也不会对昆虫造成危害；而在田野，草叶表面所沾的玉米花粉数量只有每平方厘米6到78粒。因此在自然环境中，转基因玉米花粉不会危害大花蝶幼虫。还有一项研究表明，抗虫害转基因玉米的根部能分泌毒性蛋白，可能会在土壤中累积起来危害其他生物。这项研究是将玉米长在培养液中，从培养液提取毒性蛋白喂养天蛾幼虫。其他研究者发现，如果将玉米长在土壤中，其根部分泌的毒性蛋白会迅速被降解掉，而失去了毒性。
显然，对抗虫害转基因作物对其他生物的影响值得进一步研究，但应该尽量接近自然环境，才有说服力。
