根据省委、省政府《关于福建省人民政府机构改革的实施意见》和省政府办公厅《关于印发福建省食品药品监督管理局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》、《关于印发福建省经济贸易委员会主要职责内设机构和人员编制规定的通知》精神，新一轮政府机构改革中，福建省食品药品监督管理局将不再担负食品安全综合监督、组织协调和依法开展对重大事故查处职责。
目前，福建省食品药品监督管理局原省级食品安全综合监督、组织协调和依法组织开展对重大事故查处职责正式移交省经贸委（省食品安全工作办公室）。根据有关规定，设区市食品药品监督管理局的该项职责须待设区市级政府机构改革完成后进行移交。
此次机构改革明确，福建省食品药品监督管理局实现了“三个不变、一个调整”，即省局保持省政府直属机构不变、保持正厅级规格不变、省以下垂直管理体制不变，同时相应调整了食品安全监管职责，将食品安全综合监督、组织协调、查处重大食品安全事故的职责划给省食安办，将省卫生厅有关保健食品、化妆品监管职责划入省食品药品监督管理局。目前，《福建省食品药品监督管理局内设机构主要职责》已正式下发，食品安全协调处更名为化妆品安全监管处，依法负责对化妆品的监管。食品安全监察处依法负责对保健食品的监管。全省保健食品、化妆品监管职能基本到位。
