两种转基因水稻安全证书的有效期是2009年8月17日至2014年8月17日，生产应用范围限在湖北省。业界普遍预计，这两种转基因Bt抗虫水稻有可能在三五年之内走上千家万户的餐桌。
张启发的同事、华中农业大学教授林拥军告诉本刊记者，转基因水稻在获得安全证书之后，还需进行区域性试验和品种审定，才能走向大田生产。安全证书的应用范围仅限湖北，相当于在湖北先做试点。
安全证书是转基因农作物上市销售之前最难的一个关口，张启发团队为此等待了整整11年。但一位在场的研究团队成员回忆说，张启发却高兴不起来，因为他“确实经历了太多”。
实际上，早在2008年12月，农业部主持召开的农业转基因生物安全管理部际联席会议，就已同意为上述两种转基因水稻和一种转基因玉米饲料发放安全证书。农业部农业转基因生物安全管理办公室也在2009年8月，正式批准了转基因水稻和转基因玉米的安全证书，并于10月下旬在其主办的“中国生物安全网”上公布。但这个网站平时很少更新，普通公众几乎不知道它的存在。直到11月下旬，绿色和平通过自己的渠道获知后，这个消息才通过媒体广为传播。
令人不解的是，农业部在决定颁发安全证书之前，没有与公众沟通；在安全证书获得批准之后，也未在第一时间向公众发布。
转基因水稻安全证书持有人之一、浙江大学教授凃巨民解释说，安全证书获得主管部门的批准后，还需送到上级部门审核通过才能公布，中间花上一些时间是相当正常的。
农业转基因生物安全委员会委员、中国农科院植物保护研究所研究员彭于发在2009年圣诞节接受人民网访谈时，举出结婚证的例子进行辩护：“比方说结婚证，结婚证当然是给结婚的男女双方，没有必要说把结婚证一定要发布到网上，让大家都知道。”
但彭于发的“结婚证”之说很难让公众信服。毕竟，结婚只是男女双方的事情，转基因农作物的生产应用则关乎公众利益。
无论如何，转基因水稻获得安全证书的消息一经传出，犹如火药桶被点燃。多家媒体在报道中对转基因水稻的安全性提出质疑。多位公众人物也以不同形式表达他们反对态度。其中，近年来频频对公共事件发表看法的香港中文大学教授郎咸平，在电视台访谈节目中侃侃而谈，指斥转基因食品的“带毒性”。
“公车上书”
质疑者称种植转基因主粮不仅在生命安全、环境安全等方面存在不确定性，还“有可能危及民族与国家安全”
3月1日，全国“两会”即将召开之际，在“乌有之乡”网站颇为活跃的张宏良等人，将一封百余人联署的公开信邮寄给全国人大常委会。
公开信称，种植转基因主粮不仅在生命安全、环境安全等方面存在不确定性，还“有可能危及民族与国家安全”，请求全国人大常委会立即责成国务院撤消转基因水稻和转基因玉米的安全证书。
另一个群体也选择了“公车上书”的方式传递其诉求。3月11日，北京大学科学传播中心网站刊登的一封公开信称，两种转基因水稻和一种转基因玉米安全证书“是在未经充分论证基础上发放的，如果不采取果断措施制止转基因主粮商业化种植，我国食品安全和粮食主权将受到重大冲击”。
在这封公开信上署名的，大多是人文社科学者，包括北京大学科学传播中心教授刘华杰、清华大学科学技术与社会研究所教授刘兵等。
他们中的一些人，堪称反对转基因阵营的代表人物，曾多次撰写文章抨击转基因生物育种技术。支持转基因水稻的科学家则认为，这些反对者尽管在著名大学和研究机构任职，但其观点缺乏科学事实的支撑。
据《时代周报》报道，董必武之女董良翚和任弼时之女任远征，还在全国政协分别发起提案，“反对在未经确保安全实验的前提下，就将（转基因）主粮进行商业化推广”。
面对汹涌而至的舆论压力，农业部在全国“两会”前后以“答记者问”和“问答”等形式，陆续公布了与转基因水稻安全证书有关的些许信息。但诸多具体信息对公众而言，仍然像一个谜团。本刊记者在3月初向农业部提出了公布安全证书详细评价材料的要求，截至发稿时也未得到回应。
2月1日，北京律师魏汝久向农业部申请政府信息公开，要求获取转基因水稻品系华恢1号和Bt汕优63的相关信息。三个多星期后，农业部在书面答复中公开了转基因水稻涉及的知识产权，以及农业转基因生物安全委员会成员名单这两项信息。
不过，据魏汝久介绍，农业部以属于国家机密为由，拒绝公开两种转基因水稻的实验研究、中间试验、环境释放和生产性试验阶段的详细试验情况。于是，这位律师在3月17日向北京市第二中级人民法院提出行政诉讼请求，要求法院对农业部的政府信息公开行为进行司法审查，并判令其公布转基因水稻的详细试验信息。但法院未予立案。
“行政审批惯例”
一位食品安全专家说，农业部的做法讲得不好听一点就是“偷偷摸摸”，只会增加公众对转基因技术的不信任感
长期以来，农业部习惯于关起门来评审转基因农作物。
彭于发在接受人民网访谈时就提到，自从1997年农业部对转基因生物进行安全管理以来，审批文件都是直接发给申报者，没有说对社会公开，“这也是我们国家行政审批的一个惯例。”
相比之下，美国和欧盟政府部门关于转基因生物的各种审批文件，以及相关的详细试验信息，都是对外公开的。
即使在支持转基因技术的科学家中，中国农业部的这个“惯例”也受到越来越多的批评。一位食品安全专家说，农业部的做法讲得不好听一点就是“偷偷摸摸”，而这种做法只会增加公众对转基因技术的不信任感。
根据国务院2001年颁布的《农业转基因生物安全管理条例》（下称《条例》），国务院建立了农业转基因生物安全管理的部际联席会议制度，参与者包括农业、环保、卫生、检验检疫等部门的人员。但了解内情的专家表示，实际操作中容易形成农业部一家独大的局面，环保、卫生部门等部门的声音则可能被忽视。
在中央民族大学教授、环保部南京环境科学研究所研究员薛达元看来，《条例》还有一个先天缺陷：没有鼓励公众参与的条款。
他分析说，在转基因生物安全的政策制定者中，或许有人认为公众对此问题不太感兴趣；有人认为这类问题太复杂、专业性太强，公众参与的能力不够；还有人认为，由于公众参与能力不够，公众的意见可能引导不实际的、混乱的决策。
但薛达元指出，以上原因根本站不住脚。事实上，公众参与制度是联合国《生物多样性公约》和《生物安全议定书》中，要求各个缔约国必须达成的一个最低标准。中国自然也不应当例外。
据他介绍，环保部当初也起草了一部转基因生物安全管理条例，其中包括公众参与的内容。但最终由国务院颁布的，是农业部牵头制定的《条例》。
由农业部主导的农业转基因生物安全委员会，对转基因生物的安全证书发放拥有生杀大权。不过，这个委员会的成员中有不少从事转基因研究的科学家，来自环保和卫生系统的专家并不多。至于民间团体和消费者的代表，则仍然是空白。
“如果缺少真正的信息，也就没有真正的讨论。”绿色和平食品与农业项目主任罗媛楠对本刊记者说。
安全监管漏洞
转基因大米非法流入市场，政府部门监管不到位，很容易使转基因水稻被进一步妖魔化
除了审批，农业部对农业转基因生物还负有监管责任。但2005年发生在湖北的非法转基因大米流入市场事件，让公众对其监管能力产生怀疑，关于转基因技术的疑虑也因此被进一步放大。
当年4月13日，国际环保组织绿色和平在北京公布《非法转基因水稻污染中国大米》的调查报告，向媒体披露湖北出现转基因水稻的非法种植，且转基因大米和米制品已经流入湖北市场，并且很可能销售到广州等南方市场。多家媒体随即赶往湖北进行调查，刊发了大量报道。
农业部则在绿色和平发布报告的第二天向媒体提供书面材料，称中国境内进行转基因产品调查和检测必须遵照中国标准，绿色和平委托德国的基因时代公司进行检测，农业部无法认同其结果。农业部还表示，将依据湖北省农业厅对此事的执法结果进行判断和处理。
但普通公众所关心的，并非采用什么检测标准，而是转基因大米到底有没有非法流入市场，以及政府部门有没有能力进行监管。
事发两个月后，湖北省农业厅的调查结果仍未见诸天日。绿色和平遂再次赴湖北进行调查，并指称华中农业大学旗下的公司参与了转基因水稻种子的销售，武汉家乐福十升店也在销售转基因大米。
2005年8月9日，湖北省农业厅终于打破沉默，“驳斥绿色和平组织的有关说法”。不过，湖北省农业厅承认，武汉科尼植物基因股份有限公司等三家公司，在承担转基因水稻生产性试验过程中，擅自扩大制种，农业执法机构已对其进行处罚，并对未按审批要求种植的转基因水稻予以彻底铲除。
