食用安全评价是转基因作物商业化种植前重要的评价内容，我国政府十分重视转基因作物的食用安全评价，农业部依据《农业转基因生物安全管理条例》和《农业转基因生物安全评价管理办法》，并国际食品法典委员会、世界卫生组织、联合国粮农组织和经济合作与发展组织等颁布的转基因作物食用安全评价指南，制定了我国的《转基因植物安全评价指南》。评价内容涵盖了国际食品法典委员会等组织颁布的转基因作物食用安全评价指南里的所有内容。
转基因水稻“华恢1号”和“Bt汕优63”正是依据《农业转基因生物安全管理条例》、《农业转基因生物安全评价管理办法》、《转基因植物安全评价指南》，经过相关食品安全检测机构多年科学、规范的安全检测，以及通过中国疾病预防控制中心和农业部农产品质量监督检验测试中心的检测验证，科学地证明了转基因水稻“华恢1号”和“Bt汕优63”与非转基因水稻同样安全，消费者可以放心食用。
1、转基因水稻的营养学评价
人们对食品的需求就在于它为人类提供生存所必须的能量和各类营养物质，因此，对营养成分的评价是转基因作物食用安全评价的重要组成部分。国际上，对营养学的评价内容主要包括蛋白质、淀粉、纤维素、脂肪、脂肪酸、氨基酸、矿质元素、维生素、灰分等与人类营养健康密切相关的物质，以及影响营养吸收的抗营养因子。转基因抗虫水稻“华恢1号”和“Bt汕优63”与非转基因对照“明恢63”相比，在蛋白质、脂肪、淀粉、水分、灰分、氨基酸、脂肪酸等主要营养成分，矿物质、维生素等微量营养成分，以及植酸、胰蛋白酶抑制剂等抗营养因子方面，没有生物学意义上的差异，并且均在已知非转基因稻米的营养成分和抗营养因子含量范围内，表明转基因抗虫水稻“华恢1号”和“Bt汕优63”稻米与普通非转基因稻米具有等效的营养价值。
2、转基因水稻的毒理学评价
转基因作物是否会由于导入了外源基因而产生对人体有毒的物质，是人们对转基因作物产生担心的重要原因。当前，国际上对转基因作物的毒理学评价主要从两方面着手进行，一是采取急性经口毒性试验评价外源基因表达产物是否具有毒性；二是采用亚慢性毒性试验（30天或90天大鼠喂养试验）对转基因全食品毒性进行检测和评价。如，美国、日本、欧盟等国家和地区批准种植或进口的转基因大豆、玉米、油菜等毒理评价均从这两方面进行了评价。
转基因抗虫水稻“华恢1号”和“Bt汕优63”中的cry1Ab/cry1Ac蛋白具有高效专一性，仅与鳞翅目害虫肠壁上皮细胞的特异性受体结合，引起靶标害虫肠道细胞麻痹，影响进食。由于只有鳞翅目害虫的肠壁细胞上含有这种蛋白质的结合位点，而哺乳动物肠道上皮细胞没有该蛋白质的结合位点，因此该蛋白对哺乳动物具有安全性。cry1Ab/cry1Ac蛋白的急性毒性试验表明，无动物死亡或中毒现象，该蛋白属于实际无毒；“华恢1号”稻米的大鼠90天喂养试验，各项试验指标均与饲喂非转基因稻米“明恢63”的对照组无生物学意义上的改变。为确保转基因水稻“华恢1号”作为主粮的安全性，在以上国际通行毒理学检测内容的基础上，分别增加了遗传毒性试验、三代繁殖试验、慢性毒性试验等，检测结果表明，对试验动物未见不良影响。可以说，对转基因水稻“华恢1号”进行的毒理检测，是目前为止商业化种植的转基因作物中毒理检测内容最多的，这些检测也使得转基因水稻“华恢1号”和“Bt汕优63”的食用更加安全。
3、转基因水稻的致敏性评价
人类认识Bt蛋白来源的苏云金芽孢杆菌已有百年历史，使用Bt制剂作为生物杀虫剂的安全使用记录已有70多年，大规模种植和应用转Bt基因作物也已超过10年。其间没有苏云金芽胞杆菌及其蛋白引起的过敏反应报告，也没有与生产含有苏云金芽胞杆菌产品有关的职业性过敏反应记录。cry1Ab/cry1Ac蛋白与已知致敏原的氨基酸序列同源性比较分析结果表明，cry1Ab/cry1Ac蛋白与已知致敏原无序列相似性。cry1Ab/cry1Ac蛋白在模拟胃液中15s内可被迅速消化，不具消化稳定性。评价结果表明，cry1Ab/cry1Ac蛋白成为转基因水稻中新致敏原的概率极低。
现有数据还表明，华恢1号转基因稻米对农药、重金属等污染物没有富集作用。
