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人们要求知情权和信息公开的声音背后，是对转基因食品一直存在的巨大忧虑。人们担心，经过转基因的作物，在被人类食用以后，会不会有“无法预料”的后果。
新获得安全证书的“Bt汕优63”转基因水稻，被认为可以杀死昆虫，并且防治虫害。针对这一特性，网上最常见的攻击是这样开始的：既然虫子都不能吃的东西，人能吃吗？
这个质疑已经被专业人员化解。中国水稻研究所一名研究员表示，这种导致昆虫死亡的基因，针对的是某种昆虫特有的基因编码的蛋白质，不会对人造成危害。
为了证明这种作物的无害性，早在获得安全证书以前，参与研究的华中农业大学研究员林拥军就曾表示，对这种转基因水稻，他们先后在小鼠、大鼠等身上进行了毒理试验，并没有发现任何问题。
这种论调，也在网上引起攻击。一种质疑是：“你们能把人当老鼠吗？”
尽管并不掌握完整的科学信息，人们仍然无法消除对于这种人工作物的忧虑。许多人在网上将批准生产转基因水稻视作“科学研究”突破了“道德底线”，并为自己的健康感到担忧。
事实上，关于转基因作物是否存在危险，国内外的科学界一直没有定论。相左的证据不断出现。反对者引述国外科学家的报告称，实验中，幼鼠食用转基因土豆后，内脏免疫系统受到了损害。但支持者的实验结果则与此相反，是“丝毫没有出现损伤”。
保守的国家和地区，比如欧盟，因为科学家无法提供证据证明转基因作物确实无害，因而严格地限制转基因作物的种植和进口。在美国和中国等国家，因为反对者同样无法提供证据证实转基因作物有害，政策一直倾向于推广转基因作物。
之前，番茄、棉花、大豆等转基因作物已经在我国大面积推广，并且一度在防治病虫害等领域取得了辉煌的成绩。但对水稻等主要粮食作物，几乎所有国家都采取了谨慎态度。
中国水稻研究的权威袁隆平表示，他本人的学生也参与了水稻转基因的研究。不过，不久前，袁隆平公开表示，政府应该特别慎重批准转基因植物商业化。他的理由是，科学家不能完全预知对生物进行基因改造，有可能导致何种突变。
“虽然实验非常成熟，但其对人类可能造成的影响，或许要在未来几代人后才显现。”袁隆平说。
在这种情况下，国内一些转基因项目的研究者，曾反复抱怨他们的研究成果市场化被“过于严格”的审批过程阻挠。
对于转基因技术，还有很多别的质疑。许多科学家担心，如果转基因作物的基因通过授粉等途径向四周“漂移”，可能会引发生态危机。另一个质疑指出，在推广转基因棉花时，因为管理混乱，棉花种子来源很杂，许多都没有得到正式的评估和批准，有人甚至说不出自己所种的棉花来源。人们担心，和穿在身上的棉花相比，最终要吃进嘴里的水稻，如果管理不善，可能会引起不可知的危险。
