经过多年的发展，广西渔业进入了加快发展的历史新阶段。但与全国先进省份相比，广西渔业发展还有较大差距，以下五大突出问题亟待采取得力措施加以解决：
一要解决提高思想认识、提升渔业地位的问题。
国家取消农业税和特产税后，渔业生产的直接税收很少，在当前全国普遍重视粮食生产的情况下，渔业生产没有列入粮食生产范畴，许多决策部门把渔业经济放到“顺其自然发展”甚至是“让位发展”的位置上。表现在实施基本农田保护后，开挖新池塘在许多地方受到限制；以工业开发为重点的北部湾经济区建设规划已经实施，许多滩涂浅海养殖要让位，水产养殖业后续发展面临新的选择。
二要解决充分发挥潜在资源优势、加快渔业产业发展的问题。
在淡水渔业方面，目前全区淡水渔业池塘养殖单位面积产量只相当于发达省份1/2的水平；稻田养鱼面积只占可开发养殖面积的6.9%；1000多万亩、养殖资源500多万吨的各种宜渔江河水库养殖开发不到10%；桂中北亚冷水性（25℃以下）养殖资源基本没有开发。在海洋渔业方面，海洋部门规划可用于养殖开发的浅海、滩涂大约是150万亩，目前只开发71.1万亩，占规划面积的47.4%；北部湾外海渔场和南沙渔场，现已查明的潜在渔业资源量562万吨，可捕量达280万吨，目前在此海域的捕捞量不足30万吨。
三要解决切实转变渔业发展方式、加快渔业产业化发展的问题。
从产业结构来看比例极不合理。目前，渔业一、二、三产业比例是86.4：5.2：8.4，第一产业按低到高排列，远远高于全国53.1%的平均水平。从产业基础看，水产品加工业基础非常薄弱。全区注册的水产品加工厂139个，规模以上加工企业11个，专用水产品冷库50座，水产品日冻结能力1126吨。从产品加工看，2008年广西只占全国水产品出口总额比重的1.32%。
四要解决大力培育龙头企业、提高渔业产业化水平的问题。
目前广西渔业产业化率仅为15%，比全国低了15个百分点，仅为全国平均水平的一半。渔业龙头企业大多数是近年才投资建设，起步较晚，实力有限。
五要解决加大资金投入、夯实渔业发展基础的问题。
目前广西渔业基础设施与现代渔业发展要求极不适应。一是渔船多、渔港拥挤，生产、安全设施不完善；二是池塘老化、年久失修、生产效率低。现有池塘中有73%是中低产老化池塘，与毗邻的广东、海南对比，池塘养殖平均亩产低35.3%和62.0%。
