通俗地讲，有机食品是精品，绿色食品是良品，无公害食品是普及品，三者间的关系可以形象地用金字塔形状来表示。但这三者间又有区别：
第一，食品在生产加工过程中绝对禁止使用农药、化肥、激素等化工合成物质，并且不允许使用基因工程技术;其他食品则允许有限使用这些物质，并且不禁止使用基因工程技术。如A级绿色食品和无公害食品允许即或量使用农药、化肥等，对基因工程技术和辐射技术的使用未作规定。
第二，有机食品在土地生产转型方面有严格规定。考虑到某些物质在环境中会残留相当一段时间，土地从生产其他食品到生产有机食品需要2～3年的转换期，而生产绿色食品和无公害食品则没有转换期的要求。有机食品在数量上进行严格控制，要求定地块、定产量，生产其他食品没有如此严格的要求。
第三，有机食品的认证管理是由国际有机农业运动联合会及其认可的机构来完成，与国际接轨。绿色食品归属农业部国家绿色食品发展中心认证并颁发证书。无公害食品则是农业部宏观管理，省级农业行政部门进行产地、产品认证管理，是企业必须达到的最低食品安全标准、市场准入标准。
